Softwarová implementace kompenzace jasových nehomogenit mikroskopických obrazů v ploše, využívající horní Lipschitzův obal

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985823%3A_____%2F09%3A00338930" target="_blank" >RIV/67985823:_____/09:00338930 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Softwarová implementace kompenzace jasových nehomogenit mikroskopických obrazů v ploše, využívající horní Lipschitzův obal

Popis výsledku v původním jazyce

Fluorescenční obrazy nasnímané konfokální laserovou rastrovací mikroskopií (CLSM) z různých hloubek biologického vzorku jsou často používány na 3D rekonstrukci biologického objemu.V ideálním případě, konfokální obrázek regionu odpovídající stejné koncentraci fluoreskujícího barviva ve vzorku by měl být mapován na stejné úrovně šedi. V praxi se bohužel ani ideálně homogenní vzorky, jako jsou kalibrační mřížky, nevyhnou ztmavnutí obrazu hran, jasovému zvýraznění centra atd. Účinky jsou ještě výraznější uobrazů reálných biologických vzorků. Naše řešení problému se opírá o odhad zisku prostorové proměnné, která modeluje nepříznivé účinky nerovnoměrného osvětlení a o opravu obrázku převrácením odhadu hodnoty zisku. Navrhovaný přístup využívá rychlou implementaci morfologické operace s názvem Lipschitzův horní obal. Odpovídající zásuvný programový modul byl implementován pro modulární balík software Ellipse

Název v anglickém jazyce

Software Implementation of Compensation of Illumination Inhomogeneities of Microscopic Images, Using the Upper Lipschitz Cover

Popis výsledku anglicky

Series of stacks of fluorescent images captured by a confocal laser scanning microscope (CLSM) from different depths of a biological specimen are often used, e.g., to produce 3D representation of the underlying biological volume. Ideally, CLSM image regions corresponding to the same concentration of fluorescent dye in the specimen should be mapped to the same greyscale levels. In practice, unfortunately, even ideally homogeneous specimens like artificial calibration grids exhibit darkening of image edges, lightening of the centre etc. Our solution to the problem relies on estimating a spatially variable gain which models the adverse effects of uneven illumination, and correcting images by inverting the estimated gain. The proposed approach exploits fast implementation of a morphological operation called the upper Lipschitz cover. A corresponding plug-in module was implemented for the modular Ellipse software package

Druh

R - Software

CEP obor

JC - Počítačový hardware a software

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2009

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

PlaneBrightnessAdjusting

Technické parametry

Programovací jazyk C++, vývojové prostředí MS Visual Studio 2008

Ekonomické parametry

—

IČO vlastníka výsledku

67985823

Název vlastníka

Fyziologický ústav AVČR v.v