Vliv vytěsněného nukleotidu na aktivitu štěpení a konformační dynamiku katalytického jádra hepatitis delta virus ribozymu

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F07%3A00081633" target="_blank" >RIV/68081707:_____/07:00081633 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Impact of an extruded nucleotide on cleavage activity and dynamic catalytic core conformation of the hepatitis delta virus ribozyme

Popis výsledku v původním jazyce

The self-cleaving hepatitis delta virus (HDV) ribozyme is essential for the replication of HDV, a liver disease causing pathogen in humans. The catalytically critical nucleotide C75 of the ribozyme is buttressed by a trefoil turn pivoting around an extruded G76. In all available crystal structures, the conformation of G76 is restricted by stacking with G76 of a neighboring molecule. To test whether this crystal contact introduces a structural perturbation into a catalytic core, we have analyzed ~200 nsof molecular dynamics simulations.

Název v anglickém jazyce

Impact of an extruded nucleotide on cleavage activity and dynamic catalytic core conformation of the hepatitis delta virus ribozyme

Popis výsledku anglicky

The self-cleaving hepatitis delta virus (HDV) ribozyme is essential for the replication of HDV, a liver disease causing pathogen in humans. The catalytically critical nucleotide C75 of the ribozyme is buttressed by a trefoil turn pivoting around an extruded G76. In all available crystal structures, the conformation of G76 is restricted by stacking with G76 of a neighboring molecule. To test whether this crystal contact introduces a structural perturbation into a catalytic core, we have analyzed ~200 nsof molecular dynamics simulations.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

BO - Biofyzika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2007

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Biopolymers

ISSN

0006-3525

e-ISSN

—

Svazek periodika

85

Číslo periodika v rámci svazku

5-6

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

15

Strana od-do

392-406

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—