Genomický HDV ribozym využívá předtím nepovšimnutý U-turn motiv na rychlou site-specific katalýzu

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F07%3A00081998" target="_blank" >RIV/68081707:_____/07:00081998 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

The genomic HDV ribozyme utilizes a previously unnoticed U-turn motif to accomplish fast site-specific catalysis

Popis výsledku v původním jazyce

The genome of the human hepatitis delta virus (HDV) harbors a self-cleavage catalytic RNA motif, the genomic HDV ribozyme, whose crystal structure shows the dangling nucleotides 5' of the cleavage site projecting away from the catalytic core. This 5' sequence contains a clinically conserved U-1 that we find essential for fast cleavage. Molecular dynamics simulations demonstrate that a U-1 forms the robust kink around the scissile phosphate, exposing it to the catalytic C75 in a previously unnoticed U-turn motif found also, for example, in the hammerhead ribozyme and tRNAs. We find that the common structural U-turn motif serves distinct functions in the HDV and hammerhead ribozymes.

Název v anglickém jazyce

The genomic HDV ribozyme utilizes a previously unnoticed U-turn motif to accomplish fast site-specific catalysis

Popis výsledku anglicky

The genome of the human hepatitis delta virus (HDV) harbors a self-cleavage catalytic RNA motif, the genomic HDV ribozyme, whose crystal structure shows the dangling nucleotides 5' of the cleavage site projecting away from the catalytic core. This 5' sequence contains a clinically conserved U-1 that we find essential for fast cleavage. Molecular dynamics simulations demonstrate that a U-1 forms the robust kink around the scissile phosphate, exposing it to the catalytic C75 in a previously unnoticed U-turn motif found also, for example, in the hammerhead ribozyme and tRNAs. We find that the common structural U-turn motif serves distinct functions in the HDV and hammerhead ribozymes.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

BO - Biofyzika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2007

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Nucleic Acids Research

ISSN

0305-1048

e-ISSN

—

Svazek periodika

35

Číslo periodika v rámci svazku

6

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

14

Strana od-do

1933-1946

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—