Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Endogenous pararetrovirus sequences associated with 24 nt small RNAs at the centromeres of Fritillaria imperialis L. (Liliaceae), a species with a giant genome

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F14%3A00440126" target="_blank" >RIV/68081707:_____/14:00440126 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.12673" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1111/tpj.12673</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.12673" target="_blank" >10.1111/tpj.12673</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Endogenous pararetrovirus sequences associated with 24 nt small RNAs at the centromeres of Fritillaria imperialis L. (Liliaceae), a species with a giant genome

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Endogenous pararetroviral sequences are the most commonly found virus sequences integrated into angiosperm genomes. We describe an endogenous pararetrovirus (EPRV) repeat in Fritillaria imperialis, a species that is under study as a result of its exceptionally large genome (1C=42096Mbp, approximately 240 times bigger than Arabidopsis thaliana). The repeat (FriEPRV) was identified from Illumina reads using the RepeatExplorer pipeline, and exists in a complex genomic organization at the centromere of most, or all, chromosomes. The repeat was reconstructed into three consensus sequences that formed three interconnected loops, one of which carries sequence motifs expected of an EPRV (including the gag and pol domains). FriEPRV shows sequence similarity tomembers of the Caulimoviridae pararetrovirus family, with phylogenetic analysis indicating a close relationship to Petuvirus. It is possible that no complete EPRV sequence exists, although our data suggest an abundance that exceeds the ge

  • Název v anglickém jazyce

    Endogenous pararetrovirus sequences associated with 24 nt small RNAs at the centromeres of Fritillaria imperialis L. (Liliaceae), a species with a giant genome

  • Popis výsledku anglicky

    Endogenous pararetroviral sequences are the most commonly found virus sequences integrated into angiosperm genomes. We describe an endogenous pararetrovirus (EPRV) repeat in Fritillaria imperialis, a species that is under study as a result of its exceptionally large genome (1C=42096Mbp, approximately 240 times bigger than Arabidopsis thaliana). The repeat (FriEPRV) was identified from Illumina reads using the RepeatExplorer pipeline, and exists in a complex genomic organization at the centromere of most, or all, chromosomes. The repeat was reconstructed into three consensus sequences that formed three interconnected loops, one of which carries sequence motifs expected of an EPRV (including the gag and pol domains). FriEPRV shows sequence similarity tomembers of the Caulimoviridae pararetrovirus family, with phylogenetic analysis indicating a close relationship to Petuvirus. It is possible that no complete EPRV sequence exists, although our data suggest an abundance that exceeds the ge

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    BO - Biofyzika

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/GA13-10057S" target="_blank" >GA13-10057S: Struktura, exprese a evoluce genů pro ribosomální RNA u rostlin: novými přistupy k řešení starých otázek</a><br>

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2014

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Plant Journal

  • ISSN

    0960-7412

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    80

  • Číslo periodika v rámci svazku

    5

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    11

  • Strana od-do

    823-833

  • Kód UT WoS článku

    000345511500007

  • EID výsledku v databázi Scopus