Endogenous pararetrovirus sequences associated with 24 nt small RNAs at the centromeres of Fritillaria imperialis L. (Liliaceae), a species with a giant genome
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F14%3A00440126" target="_blank" >RIV/68081707:_____/14:00440126 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.12673" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1111/tpj.12673</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.12673" target="_blank" >10.1111/tpj.12673</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Endogenous pararetrovirus sequences associated with 24 nt small RNAs at the centromeres of Fritillaria imperialis L. (Liliaceae), a species with a giant genome
Popis výsledku v původním jazyce
Endogenous pararetroviral sequences are the most commonly found virus sequences integrated into angiosperm genomes. We describe an endogenous pararetrovirus (EPRV) repeat in Fritillaria imperialis, a species that is under study as a result of its exceptionally large genome (1C=42096Mbp, approximately 240 times bigger than Arabidopsis thaliana). The repeat (FriEPRV) was identified from Illumina reads using the RepeatExplorer pipeline, and exists in a complex genomic organization at the centromere of most, or all, chromosomes. The repeat was reconstructed into three consensus sequences that formed three interconnected loops, one of which carries sequence motifs expected of an EPRV (including the gag and pol domains). FriEPRV shows sequence similarity tomembers of the Caulimoviridae pararetrovirus family, with phylogenetic analysis indicating a close relationship to Petuvirus. It is possible that no complete EPRV sequence exists, although our data suggest an abundance that exceeds the ge
Název v anglickém jazyce
Endogenous pararetrovirus sequences associated with 24 nt small RNAs at the centromeres of Fritillaria imperialis L. (Liliaceae), a species with a giant genome
Popis výsledku anglicky
Endogenous pararetroviral sequences are the most commonly found virus sequences integrated into angiosperm genomes. We describe an endogenous pararetrovirus (EPRV) repeat in Fritillaria imperialis, a species that is under study as a result of its exceptionally large genome (1C=42096Mbp, approximately 240 times bigger than Arabidopsis thaliana). The repeat (FriEPRV) was identified from Illumina reads using the RepeatExplorer pipeline, and exists in a complex genomic organization at the centromere of most, or all, chromosomes. The repeat was reconstructed into three consensus sequences that formed three interconnected loops, one of which carries sequence motifs expected of an EPRV (including the gag and pol domains). FriEPRV shows sequence similarity tomembers of the Caulimoviridae pararetrovirus family, with phylogenetic analysis indicating a close relationship to Petuvirus. It is possible that no complete EPRV sequence exists, although our data suggest an abundance that exceeds the ge
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
BO - Biofyzika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA13-10057S" target="_blank" >GA13-10057S: Struktura, exprese a evoluce genů pro ribosomální RNA u rostlin: novými přistupy k řešení starých otázek</a><br>
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Plant Journal
ISSN
0960-7412
e-ISSN
—
Svazek periodika
80
Číslo periodika v rámci svazku
5
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
823-833
Kód UT WoS článku
000345511500007
EID výsledku v databázi Scopus
—