Aromatic side-chain conformational switch on the surface of the RNA Recognition Motif enables RNA discrimination
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F17%3A00485552" target="_blank" >RIV/68081707:_____/17:00485552 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61989592:15310/17:73584447
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41467-017-00631-3" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1038/s41467-017-00631-3</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41467-017-00631-3" target="_blank" >10.1038/s41467-017-00631-3</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Aromatic side-chain conformational switch on the surface of the RNA Recognition Motif enables RNA discrimination
Popis výsledku v původním jazyce
The cyclooxygenase-2 is a pro-inflammatory and cancer marker, whose mRNA stability and translation is regulated by the CUG-binding protein 2 interacting with AU-rich sequences in the 3 ' untranslated region. Here, we present the solution NMR structure of CUG-binding protein 2 RRM3 in complex with 5 '-UUUAA-3 ' originating from the COX-2 3 '-UTR. We show that RRM3 uses the same binding surface and protein moieties to interact with AU- and UG-rich RNA motifs, binding with low and high affinity, respectively. Using NMR spectroscopy, isothermal titration calorimetry and molecular dynamics simulations, we demonstrate that distinct sub-states characterized by different aromatic side-chain conformations at the RNA-binding surface allow for high-or low-affinity binding with functional implications. This study highlights a mechanism for RNA discrimination possibly common to multiple RRMs as several prominent members display a similar rearrangement of aromatic residues upon binding their targets.
Název v anglickém jazyce
Aromatic side-chain conformational switch on the surface of the RNA Recognition Motif enables RNA discrimination
Popis výsledku anglicky
The cyclooxygenase-2 is a pro-inflammatory and cancer marker, whose mRNA stability and translation is regulated by the CUG-binding protein 2 interacting with AU-rich sequences in the 3 ' untranslated region. Here, we present the solution NMR structure of CUG-binding protein 2 RRM3 in complex with 5 '-UUUAA-3 ' originating from the COX-2 3 '-UTR. We show that RRM3 uses the same binding surface and protein moieties to interact with AU- and UG-rich RNA motifs, binding with low and high affinity, respectively. Using NMR spectroscopy, isothermal titration calorimetry and molecular dynamics simulations, we demonstrate that distinct sub-states characterized by different aromatic side-chain conformations at the RNA-binding surface allow for high-or low-affinity binding with functional implications. This study highlights a mechanism for RNA discrimination possibly common to multiple RRMs as several prominent members display a similar rearrangement of aromatic residues upon binding their targets.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10608 - Biochemistry and molecular biology
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2017
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Nature Communications
ISSN
2041-1723
e-ISSN
—
Svazek periodika
8
Číslo periodika v rámci svazku
SEP2017
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
12
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000411416100014
EID výsledku v databázi Scopus
—