Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Mutation Patterns of Human SARS-CoV-2 and Bat RaTG13 Coronavirus Genomes Are Strongly Biased Towards C > U Transitions, Indicating Rapid Evolution in Their Hosts

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F20%3A00539348" target="_blank" >RIV/68081707:_____/20:00539348 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.mdpi.com/2073-4425/11/7/761" target="_blank" >https://www.mdpi.com/2073-4425/11/7/761</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3390/genes11070761" target="_blank" >10.3390/genes11070761</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Mutation Patterns of Human SARS-CoV-2 and Bat RaTG13 Coronavirus Genomes Are Strongly Biased Towards C > U Transitions, Indicating Rapid Evolution in Their Hosts

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The pandemic caused by the spread of SARS-CoV-2 has led to considerable interest in its evolutionary origin and genome structure. Here, we analyzed mutation patterns in 34 human SARS-CoV-2 isolates and a closely related RaTG13 isolated fromRhinolophus affinis(a horseshoe bat). We also evaluated the CpG dinucleotide contents in SARS-CoV-2 and other human and animal coronavirus genomes. Out of 1136 single nucleotide variations (similar to 4% divergence) between human SARS-CoV-2 and bat RaTG13, 682 (60%) can be attributed to C>U and U>C substitutions, far exceeding other types of substitutions. An accumulation of C>U mutations was also observed in SARS-CoV2 variants that arose within the human population. Globally, the C>U substitutions increased the frequency of codons for hydrophobic amino acids in SARS-CoV-2 peptides, while U>C substitutions decreased it. In contrast to most other coronaviruses, both SARS-CoV-2 and RaTG13 exhibited CpG depletion in their genomes. The data suggest that C-to-U conversion mediated by C deamination played a significant role in the evolution of the SARS-CoV-2 coronavirus. We hypothesize that the high frequency C>U transitions reflect virus adaptation processes in their hosts, and that SARS-CoV-2 could have been evolving for a relatively long period in humans following the transfer from animals before spreading worldwide.

  • Název v anglickém jazyce

    Mutation Patterns of Human SARS-CoV-2 and Bat RaTG13 Coronavirus Genomes Are Strongly Biased Towards C > U Transitions, Indicating Rapid Evolution in Their Hosts

  • Popis výsledku anglicky

    The pandemic caused by the spread of SARS-CoV-2 has led to considerable interest in its evolutionary origin and genome structure. Here, we analyzed mutation patterns in 34 human SARS-CoV-2 isolates and a closely related RaTG13 isolated fromRhinolophus affinis(a horseshoe bat). We also evaluated the CpG dinucleotide contents in SARS-CoV-2 and other human and animal coronavirus genomes. Out of 1136 single nucleotide variations (similar to 4% divergence) between human SARS-CoV-2 and bat RaTG13, 682 (60%) can be attributed to C>U and U>C substitutions, far exceeding other types of substitutions. An accumulation of C>U mutations was also observed in SARS-CoV2 variants that arose within the human population. Globally, the C>U substitutions increased the frequency of codons for hydrophobic amino acids in SARS-CoV-2 peptides, while U>C substitutions decreased it. In contrast to most other coronaviruses, both SARS-CoV-2 and RaTG13 exhibited CpG depletion in their genomes. The data suggest that C-to-U conversion mediated by C deamination played a significant role in the evolution of the SARS-CoV-2 coronavirus. We hypothesize that the high frequency C>U transitions reflect virus adaptation processes in their hosts, and that SARS-CoV-2 could have been evolving for a relatively long period in humans following the transfer from animals before spreading worldwide.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Genes

  • ISSN

    2073-4425

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    11

  • Číslo periodika v rámci svazku

    7

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    13

  • Strana od-do

    761

  • Kód UT WoS článku

    000557167800001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85087648836