pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F20%3A00539922" target="_blank" >RIV/68081707:_____/20:00539922 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216224:14330/20:00114129 RIV/00216305:26230/20:PU135505

Výsledek na webu

<a href="https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/36/8/2584/5674042?redirectedFrom=fulltext" target="_blank" >https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/36/8/2584/5674042?redirectedFrom=fulltext</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz928" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btz928</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm

Popis výsledku v původním jazyce

Motivation: G-quadruplex is a DNA or RNA form in which four guanine-rich regions are held together by base pairing between guanine nucleotides in coordination with potassium ions. G-quadruplexes are increasingly seen as a biologically important component of genomes. Their detection in vivo is problematic, however, sequencing and spectrometric techniques exist for their in vitro detection. We previously devised the pqsfinder algorithm for PQS identification, implemented it in C++ and published as an R/Bioconductor package. We looked for ways to optimize pqsfinder for faster and user-friendly sequence analysis.

Název v anglickém jazyce

pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm

Popis výsledku anglicky

Motivation: G-quadruplex is a DNA or RNA form in which four guanine-rich regions are held together by base pairing between guanine nucleotides in coordination with potassium ions. G-quadruplexes are increasingly seen as a biologically important component of genomes. Their detection in vivo is problematic, however, sequencing and spectrometric techniques exist for their in vitro detection. We previously devised the pqsfinder algorithm for PQS identification, implemented it in C++ and published as an R/Bioconductor package. We looked for ways to optimize pqsfinder for faster and user-friendly sequence analysis.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10609 - Biochemical research methods

Projekt

<a href="/cs/project/GA18-00258S" target="_blank" >GA18-00258S: Úloha transposonů v dynamice rostlinných genomů</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Bioinformatics

ISSN

1367-4803

e-ISSN

—

Svazek periodika

36

Číslo periodika v rámci svazku

8

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

3

Strana od-do

2584-2586

Kód UT WoS článku

000537473400037

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85084028047