In-Cell NMR Spectroscopy of Functional Riboswitch Aptamers in Eukaryotic Cells
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F21%3A00536199" target="_blank" >RIV/68081707:_____/21:00536199 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00216224:14740/21:00118818
Výsledek na webu
<a href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/10.1002/anie.202007184" target="_blank" >https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/10.1002/anie.202007184</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/anie.202007184" target="_blank" >10.1002/anie.202007184</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
In-Cell NMR Spectroscopy of Functional Riboswitch Aptamers in Eukaryotic Cells
Popis výsledku v původním jazyce
We report here the in-cell NMR-spectroscopic observation of the binding of the cognate ligand 2 '-deoxyguanosine to the aptamer domain of the bacterial 2 '-deoxyguanosine-sensing riboswitch in eukaryotic cells, namely Xenopus laevis oocytes and in human HeLa cells. The riboswitch is sufficiently stable in both cell types to allow for detection of binding of the ligand to the riboswitch. Most importantly, we show that the binding mode established by in vitro characterization of this prokaryotic riboswitch is maintained in eukaryotic cellular environment. Our data also bring important methodological insights: Thus far, in-cell NMR studies on RNA in mammalian cells have been limited to investigations of short (<15 nt) RNA fragments that were extensively modified by protecting groups to limit their degradation in the intracellular space. Here, we show that the in-cell NMR setup can be adjusted for characterization of much larger (approximate to 70 nt) functional and chemically non-modified RNA.
Název v anglickém jazyce
In-Cell NMR Spectroscopy of Functional Riboswitch Aptamers in Eukaryotic Cells
Popis výsledku anglicky
We report here the in-cell NMR-spectroscopic observation of the binding of the cognate ligand 2 '-deoxyguanosine to the aptamer domain of the bacterial 2 '-deoxyguanosine-sensing riboswitch in eukaryotic cells, namely Xenopus laevis oocytes and in human HeLa cells. The riboswitch is sufficiently stable in both cell types to allow for detection of binding of the ligand to the riboswitch. Most importantly, we show that the binding mode established by in vitro characterization of this prokaryotic riboswitch is maintained in eukaryotic cellular environment. Our data also bring important methodological insights: Thus far, in-cell NMR studies on RNA in mammalian cells have been limited to investigations of short (<15 nt) RNA fragments that were extensively modified by protecting groups to limit their degradation in the intracellular space. Here, we show that the in-cell NMR setup can be adjusted for characterization of much larger (approximate to 70 nt) functional and chemically non-modified RNA.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10406 - Analytical chemistry
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/EF15_003%2F0000477" target="_blank" >EF15_003/0000477: Strukturní gymnastika nukleových kyselin: od molekulárních principů přes biologické funkce k terapeutickým cílům.</a><br>
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2021
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Angewandte Chemie - International Edition
ISSN
1433-7851
e-ISSN
1521-3773
Svazek periodika
60
Číslo periodika v rámci svazku
2
Stát vydavatele periodika
DE - Spolková republika Německo
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
865-872
Kód UT WoS článku
000591274200001
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85096655060