Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

G-Quadruplex Aptamer-Ligand Characterization

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F22%3A00563712" target="_blank" >RIV/68081707:_____/22:00563712 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.mdpi.com/1420-3049/27/20/6781" target="_blank" >https://www.mdpi.com/1420-3049/27/20/6781</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3390/molecules27206781" target="_blank" >10.3390/molecules27206781</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    G-Quadruplex Aptamer-Ligand Characterization

  • Popis výsledku v původním jazyce

    In this work we explore the structure of a G-rich DNA aptamer termed AT11-L2 (TGGTGGTGGTTGTTGTTGGTGGTGGTGGT, derivative of AT11) by evaluating the formation and stability of G-quadruplex (G4) conformation under different experimental conditions such as KCl concentration, temperature, and upon binding with a variety of G4 ligands (360A, BRACO-19, PDS, PhenDC3, TMPyP4). We also determined whether nucleolin (NCL) can be a target of AT11-L2 G4. Firstly, we assessed by circular dichroism, UV and NMR spectroscopies the formation of G4 by AT11-L2. We observed that, for KCl concentrations of 65 mM or less, AT11-L2 adopts hybrid or multiple topologies. In contrast, a parallel topology predominates for buffer containing 100 mM of KCl. The T-m of AT11-L2 in 100 mM of KCl is 38.9 degrees C, proving the weak stability of this sequence. We also found that upon titration with two molar equivalents of 360A, BRACO-19 and PhenDC3, the G4 is strongly stabilized and its topology is maintained, while the addition of 3.5 molar equivalents of TMPyP4 promotes the disruption of G4. The K-D values between AT11-L2 G4, ligands and NCL were obtained by fluorescence titrations and are in the range of mu M for ligand complexes and nM when adding NCL. In silico studies suggest that four ligands bind to the AT11-L2 G4 structure by stacking interactions, while the RBD1,2 domains of NCL interact preferentially with the thymines of AT11-L2 G4. Finally, AT11-L2 G4 co-localized with NCL in NCL-positive tongue squamous cell carcinoma cell line.

  • Název v anglickém jazyce

    G-Quadruplex Aptamer-Ligand Characterization

  • Popis výsledku anglicky

    In this work we explore the structure of a G-rich DNA aptamer termed AT11-L2 (TGGTGGTGGTTGTTGTTGGTGGTGGTGGT, derivative of AT11) by evaluating the formation and stability of G-quadruplex (G4) conformation under different experimental conditions such as KCl concentration, temperature, and upon binding with a variety of G4 ligands (360A, BRACO-19, PDS, PhenDC3, TMPyP4). We also determined whether nucleolin (NCL) can be a target of AT11-L2 G4. Firstly, we assessed by circular dichroism, UV and NMR spectroscopies the formation of G4 by AT11-L2. We observed that, for KCl concentrations of 65 mM or less, AT11-L2 adopts hybrid or multiple topologies. In contrast, a parallel topology predominates for buffer containing 100 mM of KCl. The T-m of AT11-L2 in 100 mM of KCl is 38.9 degrees C, proving the weak stability of this sequence. We also found that upon titration with two molar equivalents of 360A, BRACO-19 and PhenDC3, the G4 is strongly stabilized and its topology is maintained, while the addition of 3.5 molar equivalents of TMPyP4 promotes the disruption of G4. The K-D values between AT11-L2 G4, ligands and NCL were obtained by fluorescence titrations and are in the range of mu M for ligand complexes and nM when adding NCL. In silico studies suggest that four ligands bind to the AT11-L2 G4 structure by stacking interactions, while the RBD1,2 domains of NCL interact preferentially with the thymines of AT11-L2 G4. Finally, AT11-L2 G4 co-localized with NCL in NCL-positive tongue squamous cell carcinoma cell line.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/EF15_003%2F0000477" target="_blank" >EF15_003/0000477: Strukturní gymnastika nukleových kyselin: od molekulárních principů přes biologické funkce k terapeutickým cílům.</a><br>

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2022

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Molecules

  • ISSN

    1420-3049

  • e-ISSN

    1420-3049

  • Svazek periodika

    27

  • Číslo periodika v rámci svazku

    20

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    16

  • Strana od-do

    6781

  • Kód UT WoS článku

    000872819000001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85140917571