Design and validation of an STR hexaplex assay for DNA profiling of grapevine cultivars
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081715%3A_____%2F16%3A00465488" target="_blank" >RIV/68081715:_____/16:00465488 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/62156489:43510/16:43910458 RIV/61989592:15110/16:33161188 RIV/61989592:15310/16:33161188
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/elps.201600068" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1002/elps.201600068</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/elps.201600068" target="_blank" >10.1002/elps.201600068</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Design and validation of an STR hexaplex assay for DNA profiling of grapevine cultivars
Popis výsledku v původním jazyce
Although the analysis of length polymorphism at STR loci has become amethod of choice for grape cultivar identification, the standardization of methods for this purpose lags behind that of methods for DNA profiling in human and animal forensic genetics. The aim of this study was thus to design and validate a grapevine STR protocol with a practically useful level of multiplexing. Using free bioinformatics tools, published primer sequences, and nucleotide databases, we constructed and optimized a primer set for the simultaneous analysis of six STR loci (VVIi51, scu08vv, scu05vv, VVMD17, VrZAG47, and VrZAG83) by multiplex PCR and CE with laser-induced fluorescence, and tested it on 90 grape cultivars. The new protocol requires subnanogram quantities of the DNA template and enables automated, high-throughput genetic analysis with reasonable discriminatory power. As such, it represents a step toward further standardization of grape DNA profiling.
Název v anglickém jazyce
Design and validation of an STR hexaplex assay for DNA profiling of grapevine cultivars
Popis výsledku anglicky
Although the analysis of length polymorphism at STR loci has become amethod of choice for grape cultivar identification, the standardization of methods for this purpose lags behind that of methods for DNA profiling in human and animal forensic genetics. The aim of this study was thus to design and validate a grapevine STR protocol with a practically useful level of multiplexing. Using free bioinformatics tools, published primer sequences, and nucleotide databases, we constructed and optimized a primer set for the simultaneous analysis of six STR loci (VVIi51, scu08vv, scu05vv, VVMD17, VrZAG47, and VrZAG83) by multiplex PCR and CE with laser-induced fluorescence, and tested it on 90 grape cultivars. The new protocol requires subnanogram quantities of the DNA template and enables automated, high-throughput genetic analysis with reasonable discriminatory power. As such, it represents a step toward further standardization of grape DNA profiling.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CB - Analytická chemie, separace
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2016
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Electrophoresis
ISSN
0173-0835
e-ISSN
—
Svazek periodika
37
Číslo periodika v rámci svazku
23-24
Stát vydavatele periodika
DE - Spolková republika Německo
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
3059-3067
Kód UT WoS článku
000392421400003
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-84995791191