Srovnávací analýza oblasti PDCD2-TBP-PSMB1 u obratlovců

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F04%3A00105328" target="_blank" >RIV/68378050:_____/04:00105328 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Comparative Analysis of the PDCD2-TBP-PSMB1 Region in Vertebrates

Popis výsledku v původním jazyce

Three orthologous genes encoding programmed cell death 2 (PDCD2), TATA-binding protein (TBP), and proteasomal subunit C5 (PSMB1) proteins have been shown previously to be nonrandomly distributed in both mammalian and invertebrate genomes. Here we analyzea conserved synteny of the PDCD2, TBP, and PSMB1 orthologs in four nonmammalian vertebrates. Homologous genes of the chicken, zebrafish, fugu, and Tetraodon nigroviridis were identified. A chicken cosmid harboring the orthologs of these three genes wascompletely sequenced. The fish genes were analyzed in silico. In all vertebrates thus far investigated, the PDCD2 and TBP genes were located tail-to-tail. In all species but the zebrafish, the PSMB1 gene mapped head-to-head or in the close vicinity to the TBP. A comparative analysis revealed the distribution of putative matrix-attached regions (MARs), which may affect the synteny conservation

Název v anglickém jazyce

Comparative Analysis of the PDCD2-TBP-PSMB1 Region in Vertebrates

Popis výsledku anglicky

Three orthologous genes encoding programmed cell death 2 (PDCD2), TATA-binding protein (TBP), and proteasomal subunit C5 (PSMB1) proteins have been shown previously to be nonrandomly distributed in both mammalian and invertebrate genomes. Here we analyzea conserved synteny of the PDCD2, TBP, and PSMB1 orthologs in four nonmammalian vertebrates. Homologous genes of the chicken, zebrafish, fugu, and Tetraodon nigroviridis were identified. A chicken cosmid harboring the orthologs of these three genes wascompletely sequenced. The fish genes were analyzed in silico. In all vertebrates thus far investigated, the PDCD2 and TBP genes were located tail-to-tail. In all species but the zebrafish, the PSMB1 gene mapped head-to-head or in the close vicinity to the TBP. A comparative analysis revealed the distribution of putative matrix-attached regions (MARs), which may affect the synteny conservation

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2004

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Gene

ISSN

0378-1119

e-ISSN

—

Svazek periodika

335

Číslo periodika v rámci svazku

-

Stát vydavatele periodika

NL - Nizozemsko

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

151-157

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—