Jemná haplotypová struktura oblasti chromosomu 17 u laboratorní a divoké myši
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F08%3A00306626" target="_blank" >RIV/68378050:_____/08:00306626 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Fine haplotype structure of a chromosome 17 region in the laboratory and wild mouse
Popis výsledku v původním jazyce
Strong linkage disequilibrium among classical laboratory (CL) strains represents an obstacle in the haplotype mapping of mouse quantitative trait loci (QTL). To determine the potential of wild-derived (WD) mouse strains for fine QTL mapping, we constructed a haplotype map of a 250-kb region of the t-complex on Chromosome 17 containing the Hybrid sterility 1 (Hst1) gene. We resequenced 33 loci from up to 80 chromosomes of 5 mouse (sub)species. Trans-species single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were rare between Mus m. musculus (Mmmu) and Mus m. domesticus (Mmd). The haplotypes in Mmmu, Mmd, and t-chromosomes differed and thus should not be combined for haplotype mapping. Only a subset of SNPs and rearrangements found in CL strains were useful for haplotype mapping in wild Mmd. The largest Mmd haplotype block contained 3 genes of a highly conserved synteny. The Mmd haplotype blocks were tens of kb, suggesting that the WD Mmd strains are suitable for fine interval-specific mapping.
Název v anglickém jazyce
Fine haplotype structure of a chromosome 17 region in the laboratory and wild mouse
Popis výsledku anglicky
Strong linkage disequilibrium among classical laboratory (CL) strains represents an obstacle in the haplotype mapping of mouse quantitative trait loci (QTL). To determine the potential of wild-derived (WD) mouse strains for fine QTL mapping, we constructed a haplotype map of a 250-kb region of the t-complex on Chromosome 17 containing the Hybrid sterility 1 (Hst1) gene. We resequenced 33 loci from up to 80 chromosomes of 5 mouse (sub)species. Trans-species single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were rare between Mus m. musculus (Mmmu) and Mus m. domesticus (Mmd). The haplotypes in Mmmu, Mmd, and t-chromosomes differed and thus should not be combined for haplotype mapping. Only a subset of SNPs and rearrangements found in CL strains were useful for haplotype mapping in wild Mmd. The largest Mmd haplotype block contained 3 genes of a highly conserved synteny. The Mmd haplotype blocks were tens of kb, suggesting that the WD Mmd strains are suitable for fine interval-specific mapping.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2008
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Genetics
ISSN
0016-6731
e-ISSN
—
Svazek periodika
178
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
8
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000254921600056
EID výsledku v databázi Scopus
—