Zefektivnění veřejného systému miXGENE pro integrativní analýzu molekulárních dat

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68407700%3A21230%2F16%3A00309816" target="_blank" >RIV/68407700:21230/16:00309816 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Zefektivnění veřejného systému miXGENE pro integrativní analýzu molekulárních dat

Popis výsledku v původním jazyce

Molekularn klasikace biologickych vzorku na zaklade jejich anotovanych prolu genove exprese [14] je prirozenou ulohou. Pres prokazatelne uspechy [12] jde vsak o ulohu obtznou, zejmena vzhledem k cene genovych cipu a nzkemu poctu biologickych vzorku, vysokemu poctu sledovanych genu a nepresnostem v meren. Ulohy s temito charakteristikami casto vedou k preucen, kdy klasikatory dostatecne nezobecnuj a namsto zakladnch vztahu popisuj nahodile vazby v trenovacch datech. Resenm je regularizace, tedy zaveden dodatecne znalosti, nebo hromadne ucen bez ucitele z sirs skaly verejnych nekuratovanych biologickych vzorku. Pak jde o ulohu velmi vypocetne narocnou. Nas vyzkumny tym se dlouhodobe zabyva nekolika tematy. Prvnm je vyuzit apriorn molekularn znalosti k vytvaren odvozenych prznaku reprezentujcch funkcne ci jinak prbuzne mnoziny genu. Znalost mohou byt zname anotace genu, vzajemne regulacn vztahy mezi geny, vztahy mezi jejich blkovinnymi produkty, znalost transkripcnch faktoru, apod. Hlavn otazky jsou zrejme: 1) jak skupiny genu tvorit, 2) jak poctat jejich skupinovou expresi a 3) jak vybrat vhodne odvozene prznaky pred samotnym ucenm. Clem je maximalizovat presnost molekularnch klasikatoru zalozenych na odvozenych prznacch a take jejich srozumitelnost pro biology.

Název v anglickém jazyce

Efficient integrative analysis of molecular data with miXGENE

Popis výsledku anglicky

miXGENE (http://mixgene.felk.cvut.cz) is a public web tool for automated learning from heterogeneous omics measurements (mRNA, miRNA, methylation) that makes use of prior knowledge (gene interactions, gene sets, miRNA targets) developed at CTU. The resulting models and markers match the actual measurements as well as the relationships among biological entities recorded in curated biological databases. The tool provides the principal means for the user-friendly discovery of dedicated models in particular domains. It represents the platform for assembly, development, comparison and eventual dissemination of the methods for joint analysis of omics data. Recent testing of the system revealed that the full and non-trivial exploitation of its implemented functionality has high computational requirements. It is obvious that the paralelization of key algorithms and workflow execution and minimization of data transfers bewteen the users and the server is extremely important. The requirements further grow with an increasing number of potentially concurrent end-users. The goal of the project is to make the existing miXGENE system more computationally efficient including the possibility of long-term user project storage to minimize data flows between the users and the server.

Druh

V_souhrn - Souhrnná výzkumná zpráva

CEP obor

JC - Počítačový hardware a software

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

N - Vyzkumna aktivita podporovana z neverejnych zdroju

Rok uplatnění

2016

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Počet stran výsledku

7

Místo vydání

Praha

Název nakladatele resp. objednatele

CESNET, zájmové sdružení právnických osob

Verze

—