Super-resolution fight club: assessment of 2D and 3D single-molecule localization microscopy software
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68407700%3A21230%2F19%3A00332285" target="_blank" >RIV/68407700:21230/19:00332285 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="https://doi.org/10.1038/s41592-019-0364-4" target="_blank" >https://doi.org/10.1038/s41592-019-0364-4</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41592-019-0364-4" target="_blank" >10.1038/s41592-019-0364-4</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Super-resolution fight club: assessment of 2D and 3D single-molecule localization microscopy software
Popis výsledku v původním jazyce
With the widespread uptake of two-dimensional (2D) and three-dimensional (3D) single-molecule localization microscopy (SMLM), a large set of different data analysis packages have been developed to generate super-resolution images. In a large community effort, we designed a competition to extensively characterize and rank the performance of 2D and 3D SMLM software packages. We generated realistic simulated datasets for popular imaging modalities—2D, astigmatic 3D, biplane 3D and double-helix 3D—and evaluated 36 participant packages against these data. This provides the first broad assessment of 3D SMLM software and provides a holistic view of how the latest 2D and 3D SMLM packages perform in realistic conditions. This resource allows researchers to identify optimal analytical software for their experiments, allows 3D SMLM software developers to benchmark new software against the current state of the art, and provides insight into the current limits of the field.
Název v anglickém jazyce
Super-resolution fight club: assessment of 2D and 3D single-molecule localization microscopy software
Popis výsledku anglicky
With the widespread uptake of two-dimensional (2D) and three-dimensional (3D) single-molecule localization microscopy (SMLM), a large set of different data analysis packages have been developed to generate super-resolution images. In a large community effort, we designed a competition to extensively characterize and rank the performance of 2D and 3D SMLM software packages. We generated realistic simulated datasets for popular imaging modalities—2D, astigmatic 3D, biplane 3D and double-helix 3D—and evaluated 36 participant packages against these data. This provides the first broad assessment of 3D SMLM software and provides a holistic view of how the latest 2D and 3D SMLM packages perform in realistic conditions. This resource allows researchers to identify optimal analytical software for their experiments, allows 3D SMLM software developers to benchmark new software against the current state of the art, and provides insight into the current limits of the field.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10609 - Biochemical research methods
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2019
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Nature Methods
ISSN
1548-7091
e-ISSN
1548-7105
Svazek periodika
16
Číslo periodika v rámci svazku
5
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
387-395
Kód UT WoS článku
000466430000019
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85064068699