Approximate string-matching with a single gap for sequence alignment

Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68407700%3A21240%2F11%3A00188296" target="_blank" >RIV/68407700:21240/11:00188296 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—

Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Approximate string-matching with a single gap for sequence alignment
Popis výsledku v původním jazyce
This paper deals with the approximate string-matching problem with Hamming distance and a single gap for sequence alignment. We consider an extension of the approximate string-matching problem with Hamming distance, by also allowing the existence of a single gap, either in the text, or in the pattern. This problem is strongly and directly motivated by the next-generation re-sequencing procedure. We present a general algorithm that requires O(nm) time, where n is the length of the text and m is the length of the pattern, but this can be reduced to O(m?) time, if the maximum length ? of the gap is given.
Název v anglickém jazyce
Approximate string-matching with a single gap for sequence alignment
Popis výsledku anglicky
This paper deals with the approximate string-matching problem with Hamming distance and a single gap for sequence alignment. We consider an extension of the approximate string-matching problem with Hamming distance, by also allowing the existence of a single gap, either in the text, or in the pattern. This problem is strongly and directly motivated by the next-generation re-sequencing procedure. We present a general algorithm that requires O(nm) time, where n is the length of the text and m is the length of the pattern, but this can be reduced to O(m?) time, if the maximum length ? of the gap is given.

Projekt
<a href="/cs/project/GA201%2F09%2F0807" target="_blank" >GA201/09/0807: Analýza a zpracování řetězců a stromů</a><br>
Návaznosti
S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění
2011
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku
ACM BCB 2011: ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine
ISBN
978-1-4503-0796-3
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
3
Strana od-do
490-492
Název nakladatele
ACM
Místo vydání
New York
Místo konání akce
Chicago
Datum konání akce
1. 8. 2011
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
—

Podobné výsledky(10)