Zpracování a příprava různých typů vzorků obsahujících mikrobiologická agens pro následnou sekvenaci nukleových kyselin metodou nanopórového sekvenování (Oxford Nanopore Technologies)

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F70565813%3A_____%2F26%3AN0000002" target="_blank" >RIV/70565813:_____/26:N0000002 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Zpracování a příprava různých typů vzorků obsahujících mikrobiologická agens pro následnou sekvenaci nukleových kyselin metodou nanopórového sekvenování (Oxford Nanopore Technologies)

Popis výsledku v původním jazyce

Metodika B-SEQ-03 popisuje standardizovaný postup zpracování a přípravy různých typů vzorků obsahujících mikrobiologická agens pro následnou sekvenaci nukleových kyselin metodou nanopórového sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies. Metodika je určena především pro potřeby kontrolní a dozorové činnosti Státního úřadu pro jadernou bezpečnost v oblasti zákazu biologických zbraní a slouží jako podpůrný předanalytický postup pro metody celogenomového sekvenování. Postupy jsou navrženy pro široké spektrum vstupních matric, zahrnující čisté kultury a izoláty, environmentální vzorky (půda, voda, odpadní voda, povrchové stěry) a klinické materiály (respirační sekret, krev, moč). Metodika zohledňuje rozdílné koncentrační úrovně mikrobiálních agens (vysoká, nízká a stopová) a klade důraz na efektivní koncentraci cílové mikrobiální frakce, odstranění inhibitorů, případnou depleci hostitelské DNA a získání genomové DNA nebo RNA (resp. cDNA) v kvalitě a množství odpovídajícím požadavkům nanopórového sekvenování.

Název v anglickém jazyce

Processing and preparation of various types of samples containing microbiological agents for subsequent nucleic acid sequencing using nanopore sequencing (Oxford Nanopore Technologies)

Popis výsledku anglicky

Methodology B-SEQ-03 describes a standardized procedure for the processing and preparation of various types of samples containing microbiological agents for subsequent nucleic acid sequencing using nanopore sequencing on the Oxford Nanopore Technologies platform. The methodology is primarily intended to support the inspection and regulatory activities of the State Office for Nuclear Safety in the field of biological weapons prohibition and serves as a supporting pre-analytical procedure for whole-genome sequencing methods. The procedures are designed for a wide range of input matrices, including pure cultures and isolates, environmental samples (soil, water, wastewater, surface swabs), and clinical materials (respiratory secretions, blood, urine). The methodology takes into account different concentration levels of microbial agents (high, low, and trace) and emphasizes efficient concentration of the target microbial fraction, removal of inhibitors, potential depletion of host DNA, and the acquisition of genomic DNA or RNA (or cDNA) in quality and quantity suitable for nanopore sequencing.

Druh

N_metS - Metodiky schválené orgánem státní správy

CEP obor

—

OECD FORD obor

10606 - Microbiology

Projekt

<a href="/cs/project/VC20232025008" target="_blank" >VC20232025008: Identifikace, verifikace a typizace nových rizikových biologických agens</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2026

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

B-SEQ-03

Číslo předpisu

SÚJB/OKZCHBZ/1024/2026

Technické parametry

Metodika B-SEQ-03 popisuje standardizovaný postup zpracování a přípravy různých typů vzorků obsahujících mikrobiologická agens pro následnou sekvenaci nukleových kyselin metodou nanopórového sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies. Metodika je určena především pro potřeby kontrolní a dozorové činnosti Státního úřadu pro jadernou bezpečnost v oblasti zákazu biologických zbraní a slouží jako podpůrný předanalytický postup pro metody celogenomového sekvenování. Postupy jsou navrženy pro široké spektrum vstupních matric, zahrnující čisté kultury a izoláty, environmentální vzorky (půda, voda, odpadní voda, povrchové stěry) a klinické materiály (respirační sekret, krev, moč). Metodika zohledňuje rozdílné koncentrační úrovně mikrobiálních agens (vysoká, nízká a stopová) a klade důraz na efektivní koncentraci cílové mikrobiální frakce, odstranění inhibitorů, případnou depleci hostitelské DNA a získání genomové DNA nebo RNA (resp. cDNA) v kvalitě a množství odpovídajícím požadavkům nanopórového sekvenování.

Ekonomické parametry

Metodika umožňuje reprodukovatelnou a robustní přípravu vzorků pro následnou identifikaci a typizaci mikrobiologických agens pomocí celogenomového sekvenování, včetně aplikací v metagenomickém režimu. Zavedení tohoto standardizovaného předzpracování představuje klíčový krok ke zvýšení spolehlivosti a interpretovatelnosti výsledků sekvenačních analýz, a to jak v laboratorních podmínkách, tak při nasazení mobilních analytických laboratoří. Metodika je využitelná rovněž pro potřeby Integrovaného záchranného systému a dalších specializovaných pracovišť zabývajících se biologickou ochranou.

Označení certifikačního orgánu

Státní úřad pro jadernou bezpečnost

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

B - Výsledek je využíván orgány státní nebo veřejné správy