Identifikace a typizace rizikových a vysoce rizikových virových agens metodou nanoporového celogenomového sekvenování

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F70565813%3A_____%2F26%3AN0000001" target="_blank" >RIV/70565813:_____/26:N0000001 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Identifikace a typizace rizikových a vysoce rizikových virových agens metodou nanoporového celogenomového sekvenování

Popis výsledku v původním jazyce

Metodika B-SEQ-02 popisuje postup identifikace a typizace rizikových (RA) a vysoce rizikových virových agens (VRA) pomocí nanopórového celogenomového sekvenování. Metoda je určena především pro potřeby kontrolní a dozorové činnosti Státního úřadu pro jadernou bezpečnost v oblasti zákazu biologických zbraní a umožňuje analýzu širokého spektra vzorků, včetně infikovaných buněčných kultur a environmentálních matric neznámého původu. Postup zahrnuje izolaci virové RNA, její reverzní transkripci na cDNA, přípravu sekvenační knihovny a následné sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies MinION. Získaná sekvenační data jsou zpracována pomocí bioinformatických nástrojů zahrnujících basecalling, de novo sestavení genomu, opravu chyb a anotaci, přičemž finální identifikace je provedena porovnáním s referenčními databázemi pomocí nástroje BLAST. Metodika umožňuje nejen průkaz přítomnosti virového agens, ale také jeho detailní genetickou typizaci, včetně posouzení původu či možných genetických modifikací.

Název v anglickém jazyce

Identification and typing of risk and high-risk viral agents using nanopore whole-genome sequencing

Popis výsledku anglicky

Methodology B-SEQ-02 describes a procedure for the identification and typing of risk (RA) and high-risk viral agents (VRA) using nanopore whole-genome sequencing. The method is primarily intended to support the inspection and regulatory activities of the State Office for Nuclear Safety in the field of biological weapons prohibition and enables the analysis of a wide range of samples, including infected cell cultures and environmental matrices of unknown origin. The procedure includes isolation of viral RNA, its reverse transcription into cDNA, preparation of a sequencing library, and subsequent sequencing using the Oxford Nanopore Technologies MinION platform. The obtained sequencing data are processed using bioinformatics tools, including basecalling, de novo genome assembly, error correction, and annotation, with final identification performed by comparison with reference databases using the BLAST tool. The methodology enables not only the detection of viral agents but also their detailed genetic typing, including assessment of origin and potential genetic modifications.

Druh

N_metS - Metodiky schválené orgánem státní správy

CEP obor

—

OECD FORD obor

10607 - Virology

Projekt

<a href="/cs/project/VC20232025008" target="_blank" >VC20232025008: Identifikace, verifikace a typizace nových rizikových biologických agens</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2026

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

B-SEQ-02

Číslo předpisu

SÚJB/OKZCHBZ/877/2026

Technické parametry

Metodika B-SEQ-02 popisuje postup identifikace a typizace rizikových (RA) a vysoce rizikových virových agens (VRA) pomocí nanopórového celogenomového sekvenování. Metoda je určena především pro potřeby kontrolní a dozorové činnosti Státního úřadu pro jadernou bezpečnost v oblasti zákazu biologických zbraní a umožňuje analýzu širokého spektra vzorků, včetně infikovaných buněčných kultur a environmentálních matric neznámého původu. Postup zahrnuje izolaci virové RNA, její reverzní transkripci na cDNA, přípravu sekvenační knihovny a následné sekvenování na platformě Oxford Nanopore Technologies MinION. Získaná sekvenační data jsou zpracována pomocí bioinformatických nástrojů zahrnujících basecalling, de novo sestavení genomu, opravu chyb a anotaci, přičemž finální identifikace je provedena porovnáním s referenčními databázemi pomocí nástroje BLAST. Metodika umožňuje nejen průkaz přítomnosti virového agens, ale také jeho detailní genetickou typizaci, včetně posouzení původu či možných genetických modifikací.

Ekonomické parametry

Zavedení nanopórového sekvenování představuje významný kvalitativní posun oproti dosud používaným PCR metodám, které neposkytují dostatečné rozlišení pro detailní typizační analýzy. Metodika je navržena jako robustní, flexibilní a rychle aplikovatelný nástroj vhodný jak pro laboratorní podmínky, tak i pro nasazení v terénu v rámci činnosti mobilních analytických laboratoří. Díky těmto vlastnostem je využitelná rovněž pro potřeby Integrovaného záchranného systému a dalších specializovaných pracovišť zabývajících se biologickou ochranou.

Označení certifikačního orgánu

Státní úřad pro jadernou bezpečnost

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

B - Výsledek je využíván orgány státní nebo veřejné správy