Identifikace bakterií z potravin hmotnostní spektrometrií MALDI-TOF

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F70883521%3A28110%2F16%3A43875540" target="_blank" >RIV/70883521:28110/16:43875540 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Identifikace bakterií z potravin hmotnostní spektrometrií MALDI-TOF

Popis výsledku v původním jazyce

V oblastech jako je monitoring životního prostředí, zpracování potravin, ochrana veřejného zdraví či klinická diagnostika je velmi důležité zjistit přítomnost patogenních mikroorganismů a pak zejména jejich správná identifikace. Velká pozornost proto patří v posledních letech metodě MALDI-TOF MS jako k potenciální technice, která by tuto rychlou a spolehlivou identifikaci umožnila. Dosavadní znalosti a výsledky pokusů provedených pomocí MALDI-TOF MS dokazují schopnost rozlišit bakterie či jiné mikroorganismy na rodové, druhové a často i kmenové úrovni. Zároveň mnohé studie naznačují, že pro určité geneticky příbuzné druhy metoda neposkytuje jednoznačné výsledky identifikace. Tradiční bakteriologické techniky, jako je kultivace na selektivní médium nebo testy na biochemickou aktivitu jsou často časově náročné a pracné. Proto metoda MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie představuje zajímavou alternativu pro bakteriální diferenciaci. Pro identifikaci neznámých bakterií je třeba vytvořit rozsáhlou databázi spekter, kde je možno porovnat získané spektrum se spektrem popsaného kmene a na základě jejich podobnosti pak určit pravděpodobnost správné klasifikace vzorku. Samotný proces analýzy a získání výsledku je velmi rychlý a je uskutečnitelný během několika minut. Samozřejmě předchází kultivace bakterií, která proces značně zpomaluje. V posledních letech byla identifikace bakterií či kvasinek v klinické mikrobiologické laboratoři založena především na fenotypových vlastnostech. Tyto techniky dohromady dokáží identifikovat většinu bakteriálních izolátů s velkou správností, ale jsou časově náročné a nákladné. Fenotypové markery mohou být navíc jako identifikační znaky nestabilní kvůli jisté variabilitě v důsledku změny kultivačních podmínek. V klinické mikrobiologii je v dnešní době již velmi spolehlivá identifikace pomocí MALDI TOF MS oproti tomu identifikace potravinářských kmenů se začíná hojně rozvíjet.

Název v anglickém jazyce

Identification of bacteria of food mass spectrometry MALDI-TOF.

Popis výsledku anglicky

Identification of bacteria of food mass spectrometry MALDI-TOF. In areas such as environmental monitoring, food processing, protection of public health or clinical diagnosis is very important to detect the presence of pathogenic microorganisms, and especially their correct identification. Much attention is therefore one in recent years by MALDI-TOF MS as a potential technique to prevent this rapid and reliable identification enabled. Existing knowledge and the results of experiments performed using MALDI-TOF MS demonstrated an ability to differentiate bacteria or other microorganisms to the family, companions and often tribal level. At the same time, many studies suggest that certain genetically related species method does not provide unambiguous identification results. Traditional bacteriological techniques such as cultivation on selective medium or biochemical activity tests are often time consuming and laborious. Accordingly, MALDI-TOF mass spectrometry is an attractive alternative to bacterial differentiation. For identification of unknown bacteria need to create an extensive database of spectra, where it is possible to compare the obtained spectrum with the spectrum described the trunk and on the basis of their similarity to then determine the probability of correct classification of the sample. The very process of analysis and obtaining an outcome is very fast and is doable in a few minutes. Obviously there is a culture of bacteria, which slows down the process considerably. In recent years the identification of bacteria or yeasts in the clinical microbiology laboratory mainly based on phenotypic characteristics. These techniques together can identify most bacterial isolates with great accuracy, but they are time consuming and expensive. Phenotypic markers may also be used as an identification characteristics unstable due to some variability due to the change in culture conditions.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

EE - Mikrobiologie, virologie

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Rok uplatnění

2016

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů