Klonální charakterizace kmenů Streptococcus pneumoniae metodami MLST a MLVA – může metoda MLVA charakterizaci zkvalitnit?

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F75010330%3A_____%2F20%3A00012966" target="_blank" >RIV/75010330:_____/20:00012966 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2020-1-13/klonalni-charakterizace-kmenu-streptococcus-pneumoniae-metodami-mlst-a-mlva-muze-metoda-mlva-charakterizaci-zkvalitnit-121987" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2020-1-13/klonalni-charakterizace-kmenu-streptococcus-pneumoniae-metodami-mlst-a-mlva-muze-metoda-mlva-charakterizaci-zkvalitnit-121987</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Klonální charakterizace kmenů Streptococcus pneumoniae metodami MLST a MLVA – může metoda MLVA charakterizaci zkvalitnit?

Popis výsledku v původním jazyce

Cíl práce: Zjištění klonálních charakteristik souboru kmenů Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) působících invazivní pneumokokové onemocnění (IPO) v České republice (ČR) v roce 2017. Porovnání klonálního členění kmenů probíhalo v Národní referenční laboratoři pro streptokokové nákazy (NRL) použitím rutinně využívané metody multilokusové sekvenační typizace (Multilocus Sequence Typing, MLST) a nově zavedené metody multilokusové analýzy tandemových repetic (Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis, MLVA). Materiál a metodika: Studován byl soubor 87 kmenů S. pneumoniae, vybraný z izolátů doručených v rámci programu surveillance IPO v roce 2017 do NRL z celé ČR. Výběr byl veden přes sérotypy S. pneumoniae tak, aby soubor zahrnoval izoláty sérotypů zastoupených v pneumokokové konjugované 13valentní vakcíně (sérotypy 1, 4, 9V) a izoláty sérotypů nevakcinačních, vyskytujících se však v ČR ve značném zastoupení (sérotypy 8, 9N, 22F). Pro studium byla použita metoda MLST, která je světově rozšířeným standardem klonální charakterizace pneumokokových izolátů a využívá sekvenování souboru genových oblastí a metoda MLVA, která charakterizuje izoláty podle počtu tandemově repetitivních úseků v intergenových oblastech. Výsledky: MLST analýza ukázala a potvrdila vysokou míru klonální homogenity izolátů S. pneumoniae sérotypů 1, 9N, 9V, 22F a značnou genetickou proměnlivost izolátů sérotypů 4 a 8. Mezi klonálním členěním, poskytnutým oběma metodami, byla rámcová korelace. V porovnání s metodou MLST poskytovala metoda MLVA detailnější klonální odlišení. U izolátů s nově zjištěnými MLVA profily je žádoucí přiřazení nového MLVA typu (MT). Tato webová podpora MLVA schématu S. pneumonie však ustupuje do pozadí a neposkytuje aktuálně všechny služby oproti webové podpoře pro MLST charakterizaci. Závěry: Metoda MLST je a nadále zůstává u izolátů S. pneumoniae standardem při klonální charakterizaci původců IPO při provádění surveillance na úrovni místní i mezinárodní. MLST charakteristiky izolátů jsou využity při sledování klonální proměnlivosti národními i nadnárodními orgány ochrany veřejného zdraví. Metoda MLVA rutinně používána není, lze ji však použít jako doplňkovou pro zrychlené zjištění klonální příbuznosti izolátů ze situací lokálního charakteru, například ohniskových výskytů infekce. Zde může snáze zachytit vznik a šíření virulentní klonální varianty.

Název v anglickém jazyce

Clonal characterisation of Streptococcus pneumoniae strains using MLST and MLVA – Can MLVA improve the characterisation?

Popis výsledku anglicky

Aim: To determine clonal characteristics of Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) strains causing invasive pneumococcal disease (IPD) in the Czech Republic (CR) in 2017. Clonal assignment of strains was performed in the National Reference Laboratory for Streptococcal Infections (NRL) by the routinely used method, multilocus sequence typing (MLST), and a newly introduced method, multiple-locus variable number tandem repeat analysis (MLVA). Material and method: The study strains were 87 isolates of S. pneumoniae selected from those referred to the NRL within the IPD surveillance programme from all over the CR in 2017. The study set covers S. pneumoniae isolates of both pneumococcal 13-valent conjugate vaccine serotypes (1, 4, and 9V) and non-vaccine serotypes (8, 9N, and 22F) widely spread in the CR. The study methods were MLST, the standard method used worldwide for the characterisation of pneumococcal isolates based on sequencing of a set of gene regions, and MLVA, which allows to characterise isolates based on the number of tandem repeats in intergenic regions. Results: MLST revealed and confirmed a high level of clonal homogeneity of S. pneumoniae isolates of serotypes 1, 9N, 9V, and 22F and a considerable genetic variability of serotype 4 and 8 isolates. There was a general correlation between the MLST and MLVA clonal complex assignments. In comparison with MLST, MLVA has superior clonal discriminatory power. Isolates with the newly determined MLVA profiles should be assigned to new MLVA types (MT). Nevertheless, the new web support of the MLVA scheme for S. pneumoniae is less relevant as it does not provide services comparable to those available from the web support for MLST characterisation. Conclusions: MLST continues to be the standard method for clonal characterisation of S. pneumoniae isolates from IPD for the purposes of both national and international surveillance. MLST characteristics of isolates are helpful in the study of clonal variability conducted by both national and transnational public health protection authorities. MLVA is not routinely used but can serve as a complementary method for rapid identification of clonal relatedness between isolates, e.g. those from local outbreaks. It is more suitable for the detection of emergence and spread of a virulent clonal variant.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

30303 - Infectious Diseases

Projekt

<a href="/cs/project/NV17-29256A" target="_blank" >NV17-29256A: Molekulární surveillance invazivního pneumokokového onemocnění v České republice, hodnocení vakcinační strategie a doporučení k aktualizaci</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie

ISSN

1210-7913

e-ISSN

—

Svazek periodika

69

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

20-28

Kód UT WoS článku

000531732800003

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85083822426