Celogenomová analýza populací Streptococcus pneumoniae sérotypů 10A, 11A, 12F, 15B a 33F působících invazivní pneumokokové onemocnění v České republice v období 2013-2023

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F75010330%3A_____%2F25%3A00015099" target="_blank" >RIV/75010330:_____/25:00015099 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216208:11120/25:43929308

Výsledek na webu

<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2025-4-11/celogenomova-analyza-populaci-streptococcus-pneumoniae-serotypu-10a-11a-12f-15b-a-33f-pusobicich-invazivni-pneumokokove-onemocneni-v-ceske-republice-v-obdobi-2013-2023-141812" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2025-4-11/celogenomova-analyza-populaci-streptococcus-pneumoniae-serotypu-10a-11a-12f-15b-a-33f-pusobicich-invazivni-pneumokokove-onemocneni-v-ceske-republice-v-obdobi-2013-2023-141812</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.61568/emi/11-6600/20251001/141812" target="_blank" >10.61568/emi/11-6600/20251001/141812</a>

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Celogenomová analýza populací Streptococcus pneumoniae sérotypů 10A, 11A, 12F, 15B a 33F působících invazivní pneumokokové onemocnění v České republice v období 2013-2023

Popis výsledku v původním jazyce

Cíl: Cílem naší studie bylo studium populací Streptococcus pneumoniae sérotypů 10A, 11A, 12F, 15B a 33F způsobujících invazivní pneumokokové onemocnění (IPO) v České republice (ČR) v letech 2013–2023 metodou celogenomové sekvenace (Whole Genome Sequencing). Materiál a metody: Studované sérotypy S. pneumoniae jsou obsaženy v recentně registrovaných pneumokokových konjugovaných vakcínách (PCV): PCV15 a PCV20. K epidemiologické analýze výskytu vybraných sérotypů v letech 2013 až 2023 byla využita celorepubliková data surveillance IPO. Pro studium pomocí metody WGS bylo vybráno 177 izolátů S. pneumoniae pěti různých sérotypů: 10A, 11A, 12F, 15B a 33F, které byly zachyceny z IPO na území ČR mezi lety 2013–2023. WGS bylo provedeno na platformě Illumina MiSeq. Získaná WGS data byla analyzována pomocí nástrojů PubMLST databáze, kde jsou WGS data též veřejně dostupná. Výsledky: Epidemiologická analýza výskytu S. pneumoniae sérotypů 10A, 11A, 12F, 15B a 33F způsobujících IPO ukázala, že po zavedení PCV7, PCV10 a PCV13 došlo k nárůstu jejich výskytu v ČR. Maximální počet případů IPO sérotypu 10A byl v roce 2015 (17 případů), sérotypu 11A v roce 2018 (19 případů), sérotypu 12F v roce 2015 (18 případů), sérotypu 15B v roce 2023 (11 případů), sérotypu 33F v roce 2015 (6 případů). Během pandemie covidu-19 počty případů IPO vyvolaných studovanými sérotypy poklesly. V postpandemickém období se počty IPO vyvolaných sérotypy 10A a 11A opět zvýšily, přičemž narostl i počet případů vyvolaný sérotypem 15B. Z analýzy WGS dat vyplývá, že mezi českými izoláty sérotypu 10A výrazně dominovaly izoláty ST-1551, které tvořily početný a geneticky vysoce kompaktní klastr. V rámci sérotypu 11A patřily české izoláty převážně k ST-62 nebo k sekvenačním typům příbuzným tomuto ST. České izoláty sérotypu 12F patřily do tří hlavních klastrů, které nevykazovaly vzájemnou příbuznost (ST-218, ST-989 a ST-8060). České izoláty sérotypu 15B vykazovaly vysokou míru genetické heterogenity a patřily do tří hlavních evropských klastrů (ST-162, ST-199 a ST-1262) s převahou izolátů ST-162. Sérotyp 33F byl v naší studii zastoupen pouze 6 izoláty, ze kterých 4 patřily k ST-100. Závěr: České i evropské populace S. pneumoniae různých sérotypů vykazují značnou heterogenitu. Na této škále se vyskytují sérotypy, ve kterých převládají vzájemně příbuzné izoláty jednoho ST (11A) i sérotypy, které jsou tvořeny několika vzájemně zcela nepříbuznými klastry (12F, 15B). Struktury těchto jednotlivých populací se neustále mění v čase a jsou navíc odlišné i v rámci jednotlivých zemí Evropy. Je důležité monitorovat jednotlivé populace S. pneumoniae v co nejvyšší míře a získaná data využívat při zhodnocení možností zavádění nových PCV v ČR.

Název v anglickém jazyce

Whole genome sequencing analysis of Streptococcus pneumoniae populations of serotypes 10A, 11A, 12F, 15B, and 33F involved in invasive pneumococcal disease in the Czech Republic in 2013–2023

Popis výsledku anglicky

Aim: Whole Genome Sequencing (WGS) analysis of populations of Streptococcus pneumoniae of serotypes 10A, 11A, 12F, 15B, and 33F involved in invasive pneumococcal disease (IPD) in the Czech Republic (CR) in 2013–2023. Materials and Methods: The analysed serotypes of S. pneumoniae have been included in the recently registered pneumococcal conjugate vaccines (PCV): PCV15 and PCV20. The epidemiological analysis of the incidence of selected serotypes was based on nationwide IPD surveillance data from 2013–2023. WGS was used to analyse 177 isolates of S. pneumoniae of five serotypes: 10A, 11A, 12F, 15B, and 33F recovered from IPD in CR in 2013–2023. The Illumina MiSeq platform was used for WGS. The WGS data were analysed using tools of the PubMLST database where WGS data have been publicly accessible. Results: Epidemiological analysis of the incidence of S. pneumoniae serotypes 10A, 11A, 12F, 15B, and 33F involved in IPD showed their increase after the vaccines PCV7, PCV10, and PCV13 had been introduced in CR. IPD cases caused by serotype 10A peaked in 2015 (17 cases), serotype 11A was the most frequent cause in 2018 (19 cases), serotype 12F predominated in 2015 (18 cases), serotype 15B in 2023 (11 cases), and serotype 33F in 2015 (6 cases). During the COVID-19 pandemic, IPD cases caused by the listed serotypes declined. In the post-pandemic period, the involvement of serotypes 10A and 11A in IPD cases increased again, as did that of serotype 15B. WGS data analysis showed a clear dominance of a large and genetically compact cluster of ST-1551 among Czech isolates of serotype 10A. Czech serotype 11A isolates were assigned primarily to ST-62 or other related sequencing types. Czech serotype 12F isolates were part of three major clusters unrelated to each other (ST-218, ST-989, and ST-8060). Czech serotype 15B isolates showed a high genetic heterogeneity and belonged to three major European clusters (ST-162, ST-199, and ST-1262) with a predominance of ST-162 isolates. In our study, serotype 33F was only represented by six isolates, four of which were of ST-100. Conclusion: Both Czech and European populations of S. pneumoniae of different serotypes show considerable heterogeneity. They include serotypes in which related isolates of a single ST (11A) predominate, as well as serotypes that consist of several completely unrelated clusters (12F, 15B). The structures of these individual populations are continually changing over time and also differ within individual European countries. It is important to monitor S. pneumoniae populations as closely as possible and to use the data obtained to evaluate the possibilities for introducing new PCVs in the Czech Republic.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10606 - Microbiology

Projekt

<a href="/cs/project/NU22-09-00433" target="_blank" >NU22-09-00433: Studium vybraných sérotypů Streptococcus pneumoniae působících invazivní onemocnění v České republice metodou sekvenace celého genomu</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2025

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie

ISSN

1210-7913

e-ISSN

1805-451X

Svazek periodika

74

Číslo periodika v rámci svazku

4

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

14

Strana od-do

191-204

Kód UT WoS článku

001665601400001

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-105027598669