Populační analýza Streptococcus pneumoniae sérotypu 19A metodou sekvenace celého genomu v České republice a Evropě po jeho zařazení do pneumokokové konjugované vakcíny

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F75010330%3A_____%2F21%3A00013542" target="_blank" >RIV/75010330:_____/21:00013542 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2021-2-24/populacni-analyza-streptococcus-pneumoniae-serotypu-19a-metodou-sekvenace-celeho-genomu-v-ceske-republice-a-evrope-po-jeho-zarazeni-do-pneumokokove-konjugovane-vakciny-127796" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2021-2-24/populacni-analyza-streptococcus-pneumoniae-serotypu-19a-metodou-sekvenace-celeho-genomu-v-ceske-republice-a-evrope-po-jeho-zarazeni-do-pneumokokove-konjugovane-vakciny-127796</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Populační analýza Streptococcus pneumoniae sérotypu 19A metodou sekvenace celého genomu v České republice a Evropě po jeho zařazení do pneumokokové konjugované vakcíny

Popis výsledku v původním jazyce

Cíl práce: Využití výsledků sekvenace celého genomu (WGS) Streptococcus pneumoniae sérotypu 19A a jeho porovnání s výsledky v Evropě. Tato publikace prezentuje analýzu vakcinačního sérotypu 19A, který je v České republice hojně zastoupen. Materiál a metodika: Pro studii byla zvolena metoda WGS jako nejdetailnější aktuálně dostupná metoda pro charakterizaci S. pneumoniae. Analýze bylo podrobeno 19 českých izolátů S. pneumoniae 19A, které byly porovnány se 415 evropskými izoláty, jejichž data jsou dostupná v mezinárodní databázi PubMLST.Výsledky: S. pneumoniae sérotypu 19A způsobuje všechny typy interakce s hostitelem od nosičství, přes vyvolání neinvazivních onemocnění až po invazivní pneumokokové onemocnění (IPO). V letech 2010–2019 bylo v ČR zjištěno v programu surveillance 3 872 případů IPO, z nichž 323 případů bylo způsobeno sérotypem 19A. Celogenomová data českých izolátů sérotypu 19A ukazují početnou a geneticky blízkou subpopulaci tří sekvenačních typů ST-199, ST-416, ST-3017. V rámci této subpopulace je nejpočetnější klastr devíti izolátů ST-199. Vysokou příbuznost izolátů ST-199 potvrzuje i fakt, že s výjimkou izolátu 117/2019 (nový rST-137805), sdílí všechny stejný ribozomální sekvenační profil – rST-11365. Stranou zmíněné subpopulace stojí pouze čtyři izoláty, které tvoří tři zcela samostatné genetické linie sérotypu 19A. Velice obdobná situace je na evropské úrovni. Zde zhruba polovina všech izolátů sérotypu 19A vytváří geneticky blízkou subpopulaci (ST-199, ST-416, ST-450, ST-667, ST-3017, ST-10360) a izoláty, které nejsou součástí této subpopulace, představují velké množství vzájemně nepříbuzných genetických linií. Závěry: Studie ukazuje převážně homogenní populaci S. pneumoniae sérotypu 19A kolující v postvakcinační éře v ČR i Evropě se stranou stojícími nepříbuznými izoláty.

Název v anglickém jazyce

Population analysis of Streptococcus pneumoniae serotype 19A by whole genome sequencing in the Czech Republic and in Europe after serotype 19A inclusion in pneumococcal conjugate vaccine

Popis výsledku anglicky

Aim: To present the results of whole genome sequencing (WGS) analysis of Streptococcus pneumoniae serotype 19A and to compare them with the respective data from Europe. The vaccine serotype 19A is widely distributed in the Czech Republic.Material and methods: WGS was used in this study as the most powerful available method for detailed characterization of S. pneumoniae. Nineteen Czech isolates of S. pneumoniae 19A were analysed and compared with 415 European isolates included in the PubMLST database.Results: S. pneumoniae serotype 19A causes all types of pathogen - host interaction, from carriage to noninvasive and invasive pneumococcal disease (IPD). In 2010 – 2019, 3872 cases of IPD were reported within the surveillance programme in the Czech Republic, with 323 of these caused by serotype 19A. WGS data of the Czech serotype 19A isolates show a numerous and genetically related subpopulation of three sequencing types: ST-199, ST-416, and ST-3017. Within this subpopulation, the largest is the cluster of nine ST-199 isolates. High relatedness of ST-199 isolates is also confirmed by the fact that all but one isolate, 117/2019 (novel rST- -137805), share the same ribosome sequencing profile - rST-11365. Outside the above-mentioned subpopulation, there are only four isolates that form three separate genetic lines of serotype 19A. A highly similar situation is observed across European countries, where about half of all serotype 19A isolates form a genetically closely related subpopulation (ST-199, ST-416, ST-450, ST-667, ST-3017, and ST-10360) while isolates which are not part of this subpopulation represent a large number of unrelated genetic lines. Conclusions: The study has shown a mostly homogeneous population of S. pneumoniae serotype 19A to circulate in the post-vaccination era in both the Czech Republic and Europe, with some unrelated isolates located outside this population.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

30303 - Infectious Diseases

Projekt

<a href="/cs/project/NV17-29256A" target="_blank" >NV17-29256A: Molekulární surveillance invazivního pneumokokového onemocnění v České republice, hodnocení vakcinační strategie a doporučení k aktualizaci</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie

ISSN

1210-7913

e-ISSN

—

Svazek periodika

70

Číslo periodika v rámci svazku

2

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

110-117

Kód UT WoS článku

000735154900005

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85114657165