Statistical aspects of quantitative real-time PCR experiment design
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F86652036%3A_____%2F10%3A00350829" target="_blank" >RIV/86652036:_____/10:00350829 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Statistical aspects of quantitative real-time PCR experiment design
Popis výsledku v původním jazyce
Experiments using qPCR to test hypotheses are limited by technical and biological variability; we seek to minimise sources of variability through optimum use of biological and technical replicates. Calculations rely on knowledge of the expected variancesof the measurements of each group of samples and the magnitude of the treatment effect. Here we introduce a method that exploits a small pilot study to estimate the biological and technical variances in order to improve the design of a subsequent largeexperiment. We measure the variance contributions at several levels? of the experiment design and provide a means of using this information to predict both the total variance and the prospective power of the assay. We also discuss the effect of normalisation to a reference gene in terms of the measured variance components of the gene of interest. Finally, we describe a software implementation of these methods, powerNest
Název v anglickém jazyce
Statistical aspects of quantitative real-time PCR experiment design
Popis výsledku anglicky
Experiments using qPCR to test hypotheses are limited by technical and biological variability; we seek to minimise sources of variability through optimum use of biological and technical replicates. Calculations rely on knowledge of the expected variancesof the measurements of each group of samples and the magnitude of the treatment effect. Here we introduce a method that exploits a small pilot study to estimate the biological and technical variances in order to improve the design of a subsequent largeexperiment. We measure the variance contributions at several levels? of the experiment design and provide a means of using this information to predict both the total variance and the prospective power of the assay. We also discuss the effect of normalisation to a reference gene in terms of the measured variance components of the gene of interest. Finally, we describe a software implementation of these methods, powerNest
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/IAA500520809" target="_blank" >IAA500520809: Mechanismy časné diferenciace embryonálních kmenových buněk</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2010
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Methods
ISSN
1046-2023
e-ISSN
—
Svazek periodika
50
Číslo periodika v rámci svazku
4
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
6
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000276262100004
EID výsledku v databázi Scopus
—