Effects of post-mortem and physical degradation on RNA integrity and quality
Popis výsledku
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00216208:11310/15:10362452
Výsledek na webu
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2214753515300048?via%3Dihub
DOI - Digital Object Identifier
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Effects of post-mortem and physical degradation on RNA integrity and quality
Popis výsledku v původním jazyce
The precision and reliability of quantitative nucleic acid analysis depends on the quality of the sample analyzed and the integrity of the nucleic acids. The integrity of RNA is currently primarily assessed by the analysis of ribosomal RNA, which is the by far dominant species. The extrapolation of these results to mRNAs and microRNAs, which are structurally quite different, is questionable. Here we show that ribosomal and some nucleolar and mitochondrial RNAs, are highly resistant to naturally occurring post-mortem degradation, while mRNAs, although showing substantial internal variability, are generally much more prone to nucleolytic degradation. In contrast, all types of RNA show the same sensitivity to heat. Using qPCR assays targeting different regions of mRNA molecules, we find no support for 5' or 3' preferentiality upon post-mortem degradation.
Název v anglickém jazyce
Effects of post-mortem and physical degradation on RNA integrity and quality
Popis výsledku anglicky
The precision and reliability of quantitative nucleic acid analysis depends on the quality of the sample analyzed and the integrity of the nucleic acids. The integrity of RNA is currently primarily assessed by the analysis of ribosomal RNA, which is the by far dominant species. The extrapolation of these results to mRNAs and microRNAs, which are structurally quite different, is questionable. Here we show that ribosomal and some nucleolar and mitochondrial RNAs, are highly resistant to naturally occurring post-mortem degradation, while mRNAs, although showing substantial internal variability, are generally much more prone to nucleolytic degradation. In contrast, all types of RNA show the same sensitivity to heat. Using qPCR assays targeting different regions of mRNA molecules, we find no support for 5' or 3' preferentiality upon post-mortem degradation.
Klasifikace
Druh
JSC - Článek v periodiku v databázi SCOPUS
CEP obor
—
OECD FORD obor
10608 - Biochemistry and molecular biology
Návaznosti výsledku
Projekt
ED1.1.00/02.0109: Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd a Univerzity Karlovy
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2015
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Biomolecular Detection and Quantification
ISSN
2214-7535
e-ISSN
—
Svazek periodika
5
Číslo periodika v rámci svazku
September 2015
Stát vydavatele periodika
NL - Nizozemsko
Počet stran výsledku
7
Strana od-do
3-9
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-84943627995
Základní informace
Druh výsledku
JSC - Článek v periodiku v databázi SCOPUS
OECD FORD
Biochemistry and molecular biology
Rok uplatnění
2015