Vše
Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Conformation-based refinement of 18-mer DNA structures

Popis výsledku

Klíčová slova

Identifikátory výsledku

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Conformation-based refinement of 18-mer DNA structures

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Nine new crystal structures of CG-rich DNA 18-mers with the sequence 5'-GGTGGGGGC-XZ-GCCCCACC-3', which are related to the bacterial repetitive extragenic palindromes, are reported. 18-mer oligonucleotides with the central XZ dinucleotide systematically mutated to all 16 sequences show complex behavior in solution, but all ten so far successfully crystallized 18-mers crystallized as A-form duplexes. The refinement protocol benefited from the recurrent use of geometries of the dinucleotide conformer (NtC) classes as refinement restraints in regions of poor electron density. The restraints are automatically generated at the dnatco.datmos.org web service and are available for download. This NtC-driven protocol significantly helped to stabilize the structure refinement. The NtC-driven refinement protocol can be adapted to other low-resolution data such as cryo-EM maps. To test the quality of the final structural models, a novel validation method based on comparison of the electron density and conformational similarity to the NtC classes was employed.

  • Název v anglickém jazyce

    Conformation-based refinement of 18-mer DNA structures

  • Popis výsledku anglicky

    Nine new crystal structures of CG-rich DNA 18-mers with the sequence 5'-GGTGGGGGC-XZ-GCCCCACC-3', which are related to the bacterial repetitive extragenic palindromes, are reported. 18-mer oligonucleotides with the central XZ dinucleotide systematically mutated to all 16 sequences show complex behavior in solution, but all ten so far successfully crystallized 18-mers crystallized as A-form duplexes. The refinement protocol benefited from the recurrent use of geometries of the dinucleotide conformer (NtC) classes as refinement restraints in regions of poor electron density. The restraints are automatically generated at the dnatco.datmos.org web service and are available for download. This NtC-driven protocol significantly helped to stabilize the structure refinement. The NtC-driven refinement protocol can be adapted to other low-resolution data such as cryo-EM maps. To test the quality of the final structural models, a novel validation method based on comparison of the electron density and conformational similarity to the NtC classes was employed.

Klasifikace

  • Druh

    Jimp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2023

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Acta Crystallographica Section D-Biological Crystallography

  • ISSN

    1399-0047

  • e-ISSN

    2059-7983

  • Svazek periodika

    79

  • Číslo periodika v rámci svazku

    JUL 2023

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    11

  • Strana od-do

    655-665

  • Kód UT WoS článku

    001020462200010

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85164062188

Druh výsledku

Jimp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

Jimp

OECD FORD

Biochemistry and molecular biology

Rok uplatnění

2023