Mechanism of somatic hypermutation targeting in the B cell genome
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202200004
Main participants
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
22-30384S
Alternative language
Project name in Czech
Mechanismus cílení somatických hypermutací v genomu B lymfocytů
Annotation in Czech
Somatické hypermutace (SHM) jsou klíčovým procesem diversifikace protilátek a zejména modulace jejich afinity. Tento proces je zahájen deaminací cytosinu za účasti aktivací indukované deaminázy (AID) a dokončen k chybám náchylným nahrazením vzniklého uracilu. Donedávna se věřilo, že proces SHM je cílen výlučně do immunoglobulinových lokusů. Nově se objevující studie ukazují, že aktivita SHM je v genomu mnohem více rozšířená a představuje tak hrozbu pro integritu genomu. Naše laboratoř vyvinula zcela novou vysoce citlivou a vysoce výkonnou metodu (DIVAC-trap HTISA) studia cílení SHM, která je založena na retrovirových vektorech a touto metodou jsme vytvořili detailní mapu oblastí citlivých a rezistentních k SHM v lidském genomu. V tomto projektu využijeme naše nově vytvořené nástroje ke studiu role (epi)genomických znaků a jaderné topologie v cílení SHM mimo Ig lokusy a identifikaci klíčových faktorů. Dále budeme charakterizovat genomické elementy zodpovědné za cílení SHM. Naše výsledky poskytnou zcela nový vhled do mechanismu SHM a faktorů ovlivňujících karcinogenezi závislou na AID.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10601 - Cell biology
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EA - Morphology and cytology<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
—
Latest support payment
Feb 29, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Mar 12, 2025
Finance
Total approved costs
7,254 thou. CZK
Public financial support
7,254 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK