Identification of novel biomarkers for evaluation of mitochondrial disease progression by untargeted metabolomics and proteomics
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202200001
Main participants
Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU22-01-00499
Alternative language
Project name in Czech
Využití necílené metabolomiky a proteomiky pro identifikaci nových biomarkerů pro sledování progrese mitochondriálních onemocnění
Annotation in Czech
Mitochondrie hrají významnou roli v produkci buněčného ATP a meziproduktů biosyntetických drah. Poruchy oxidačně fosforylačního aparátu (OXPHOS) u lidí způsobují vážná mitochondriální onemocnění, která ovlivňují především tkáně s vysokými energetickými nároky. Pro udržení metabolické rovnováhy proto buňky s poruchami OXPHOS potřebují adaptovat řadu biochemických drah. Přenastavení metabolismu postižených tkání se následně odráží jako změny v hladinách cirkulujících metabolitů, jak nízkomolekulárních tak i proteinových. Celá řada tradičních markerů, např. laktát či aminonokyseliny, je již v současnosti pro evaluaci mitochondriálních chorob využívána. Současný rozvoj technik necílené metabolomiky a proteomiky ale otevírá možnost pro identifikaci nových biomarkerů, jejichž hladiny mohou signalizovat změny v závažnosti průběhu onemocnění, postižení specifických tkání, případně odpověď organizmu na terapii. V rámci dlouholeté spolupráce mezi Oddělením bioenergetiky FgÚ AV ČR a Kliniky pediatrie a dědičných poruch metabolismu (KPDPM) navrhujeme projekt pro identifikaci metabolických markerů v plazmě a moči od pacientu s mitochondriálními onemocněními. V projektu plánujeme využít dvě rozsáhlé a dlouhodobě sledované kohorty pacientů KPDP – skupinu s dlouhými delecemi mtDNA (Kearns-Sayre syndrome, Pearsonův syndrome), skupinu s bodovou mtDNA mutací G3243>A (MELAS syndrom), a heterogenní skupinu pacientů se vzácnými defekty jaderného původu. Vzorky plazmy a moči budou odebírány na KPDPM, hladiny nízkomolekulárních metabolitů a proteinů budou analyzovány zavedenými metodami necílené metabolomiky a proteomiky na FgÚ AV ČR a kvantifikovány vůči vzorkům kontrolní skupiny. Získaná data budou korelována s aktuálním stavem pacientů sledovaných na KPDPM. Nově identifikované metabolické markery budou validovány na buněčných modelech, které jsou k dispozici na pracovišti navrhovatele nebo které budou specificky vytvořeny s ohledem na typ defektu u pacientů v projektu.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
30202 - Endocrinology and metabolism (including diabetes, hormones)
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology<br>FB - Endocrinology, diabetology, metabolism, nutrition
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-R
Data delivery date
Feb 21, 2024
Finance
Total approved costs
10,691 thou. CZK
Public financial support
10,691 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK