Evoluce genomu a časoprostorová diversita v tribu Arabideae

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 19 (SGA0201500001)

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

15-18545S

Název projektu anglicky

Genome evolution and spatiotemporal diversity of the Arabideae

Anotace anglicky

The tribe Arabideae is the largest Brassicaceae tribe with >487 species; many Arabis and Draba species being wide-spread and some cultivated as ornamental plants. Arabideae diversified into several clades with contrasting phylogeographic history represents a superb system to analyze plant genome evolution. We aim to reconstruct pathways of genome evolution by comparative cytogenomic and epigenetic methods, and by next-generation sequencing. In representatives of main Arabideae clades, ancestral and extant genome structures will be established and these will be compared with the diversity of DNA repeats. We will compare patterns of genome reorganization and repeat evolution with a number of intrinsic and extrinsic factors. The extent and tempo of genome repatterning will be related to phylogenetic position, mode of reproduction (selfing vs. outcrossing), life form (annuals vs. perennials), habitat elevation (lowlands vs. mountains) and geographic origin. For the first time, data on mechanism and dynamics of chromosome reorganization will be obtained for a whole tribe of land plants.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EF - Botanika

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Cíle projektu byly splněny. Výsledky přispěly k pochopení evoluce skupiny Arabideae, včetně charakterizace dosud neznámých evolučních trajektorií. Cytogenomické analýzy napomohly chromosomovému sestavení genomů dvou modelových rostlin. Velmi zajímavá je studie evolučního pohybu centromer. Výsledkem projektu jsou tři kvalitní rukopisy publikací, z nichž zatím žádná nebyla přijata do tisku.

Zahájení řešení

1. 1. 2015

Ukončení řešení

29. 11. 2019

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

5. 4. 2017

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP20-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

2. 7. 2020

Celkové uznané náklady

5 696 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 696 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč