Studium vztahů mezi RNA-vážícími bílkovinami a mitochondriálním genomem trypanosom

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 19 (SGA0201500001)

Hlavní účastníci

Biologické centrum AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

15-21974S

Název projektu anglicky

Mitochondrial genome-wide studies of RNA-binding proteins in trypanosomes

Anotace anglicky

Trypanosomes and leishmanias are causative agents of many serious diseases. Their shared unique feature is mitochondrial (mt) RNA editing, by which mRNAs are post-transcriptionally altered. RNA editing is absent from vertebrates and hence a suitable drug target. While most proteins participating in RNA editing and processing have been identified, we know very little about which RNAs they bind and how (un-)specific these interactions are. To shed light on this key relationship, we want to use a powerful method called individual-nucleotide resolution cross-linking and immunoprecipitation (iCLIP) that will allow us to identify RNA regions bound by RNA-binding proteins (RBPs). Our preliminary data show that iCLIP is well feasible for mt RBPs in Trypanosoma brucei, allowing first application of this rather complex method for any organellar proteins. Deep sequencing of RNA molecules bound by subunits of various RNA editing and/or processing complexes will provide a wealth of data that will be integrated into a concise pathway of mt RNA processing in this important pathogen.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt splnil zadané cíle. Byly dosaženy původní významné výsledky, které jsou doloženy publikacemi v dané oblasti. Řešitel nesprávně dedikoval několik publikací irelevantních k tématu projektu.

Zahájení řešení

1. 1. 2015

Ukončení řešení

31. 12. 2017

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

5. 4. 2017

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP18-GA0-GA-U/02:1

Datum dodání záznamu

4. 5. 2018

Celkové uznané náklady

5 529 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 529 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč