Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech
Cíle projektu
Segmentace a sledování pohybu živých buněk patří do oblasti zpracování biomedicínských obrazů a jsou extrémně důležité v současném výzkumu buněk. Nedávná studie nejmodernějších metod sledování pohybu buněk prokázala, že problém segmentace a sledování pohybu není po informatické stránce dosud uspokojivě vyřešen. Zejména je nutný výzkum a vývoj technik vhodných pro heterogenní buněčné populace a pro zobrazovací techniky, které neumožňují specifické označení sledovaných objektů. V projektu budeme vyvíjet metody pro hierarchickou segmentaci a sledování pohybu, které budou vhodné pro různé obrazové modality a jejich kombinace a budou jednoduše použitelné zejména pro heterogenní buněčné populace. Dále budeme studovat chování a možnosti metod na reálných i simulovaných obrazech. Navržené metody budeme testovat na obrazových datech z veřejných srovnávacích databází akceptovaných biomedicínskou komunitou ale i nově generovaných obrazech. Projekt přispěje k řešení obtížných problémů při segmentaci a sledování pohybu objektů ve vícedimenzionálních časosběrných obrazových záznamech.
Klíčová slova
image processingimage analysisimage segmentationcell trackingshape analysisoptical microscopymulti-modal imaging
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Hlavní účastníci
Masarykova univerzita / Fakulta informatiky
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
17-05048S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Multi-modal live cell image segmentation and tracking
Anotace anglicky
Live cell segmentation and tracking problems belong to bioimage informatics and are crucially important in current cell research. A recent objective evaluation of state-of-the-art cell tracking algorithms showed that the problem is far from being solved. In particular, concentrated research is needed for dense and heterogeneous cell populations and imaging modalities that do not allow specific target labeling. We want to design and develop easy-to-use hierarchical segmentation and tracking methods suitable for different imaging modalities and their combinations that would work also for heterogeneous cell populations. We want to study the method performance based on real as well as simulated images. The methods will be tested based on benchmark data sets generally accepted by the biomedical informatics community as well as novel challenging data sets. The project will contribute to understanding how to tackle difficult segmentation and tracking problems in multi-dimensional time-lapse images.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
IN - Informatika
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2017
Ukončení řešení
31. 12. 2021
Poslední stav řešení
—
Poslední uvolnění podpory
3. 4. 2019
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP21-GA0-GA-R/13:1
Datum dodání záznamu
22. 2. 2021
Finance
Celkové uznané náklady
6 051 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
3 936 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
2 076 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
6 051 tis. Kč
Statní podpora
3 936 tis. Kč
65%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
IN - Informatika
Doba řešení
01. 01. 2017 - 31. 12. 2021