Metody identifikace a vizualizace tunelů pro flexibilní ligandy v dynamických proteinech

Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Hlavní účastníci
České vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická<br>Masarykova univerzita / Fakulta informatiky<br>Západočeská univerzita v Plzni / Fakulta aplikovaných věd
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
17-07690S

Název projektu anglicky
Methods of Identification and Visualization of Tunnels for Flexible Ligands in Dynamic Proteins
Anotace anglicky
Proteins are biochemical macromolecules, performing crucial functions in all living organisms. Understanding their function is important for faster invention of new drugs and other chemical compounds. Protein functions are highly influenced by their reactivity with other molecules (ligands). Performing a spatial analysis of ligands behavior in proteins under molecular dynamics is one of the most important current tasks in bioinformatics. Current approaches are mostly based on geometry, using a set of spheres and 3D geometrical subdivision. They work well for static models and simple molecules but for dynamic and complex molecular structures are not strong enough. Promising alternative solutions, utilizing sampling-based motion planning approaches, have appeared but sample the configuration space blindly, i.e. using uniform samples. The proposed project aims to develop computational and visualization methods based on a motion planning approach and a more sophisticated sampling. The methods will work for flexible ligands moving in dynamic proteins.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
JC - Počítačový hardware a software
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
20206 - Computer hardware and architecture

Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Projekt v podstatné míře dosáhl stanovených vědeckých cílů. Za pozitiva lze pokládat zapojení řady studentů do projektu a celkovou spolupráci celého řešitelského a spoluřešitelského týmu. Softwarové části, které vznikly během projektu, mohou být přínosné pro bioinformatiku. Za slabinu projektu lze pokládat slabší publikační aktivitu kolektivu v nevýrazných médiích.

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP20-GA0-GA-U/02:1
Datum dodání záznamu
23. 7. 2020

Podobné projekty(10)