Mechanické vlastnosti strukturních prvků RNA a DNA

Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Hlavní účastníci
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta chemické technologie
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
17-14683S

Název projektu anglicky
Mechanical properties of RNA and DNA structural building blocks
Anotace anglicky
Natural and artificial RNA and DNA structures are composed of recurrent building blocks. The project is focused on inferring mechanical properties of these motifs using theoretical methods and computer simulations. Statistical mechanical methods will be applied to extensive, atomic-resolution molecular dynamics simulation data to extract parameters of coarse-grained models on different scales (rigid bases and basepairs, global description). Attention will be devoted to a multidimensional forced deformation free energy method. We will investigate the effect of cytosine methylation on DNA mechanics, and DNA with structural lesions. In the RNA field, we will focus on important structural motifs such as kink-turns and kissing loops. We also plan to study individual states of a large DNA nanodevice, the actuator. The research will be conducted in collaboration with experimental laboratories. The results will elucidate mechanical properties of DNA and RNA structural elements important in biology and biophysics, as well as for design and optimization of RNA and DNA nanostructures.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
BO - Biofyzika
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
10610 - Biophysics

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP21-GA0-GA-R/13:1
Datum dodání záznamu
22. 2. 2021

Podobné projekty(10)