Nanomechanika strukturních motivů RNA a DNA

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 18 (SGA0201400001)

Hlavní účastníci

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

14-21893S

Název projektu anglicky

Nanomechanics of RNA and DNA structural motifs

Anotace anglicky

RNA and DNA motifs are recurrent structural building blocks found in biomolecular complexes. We propose to investigate their mechanical properties by applying novel theoretical approaches to atomic-resolution, explicit solvent molecular dynamics (MD) simulation data of selected RNA and DNA molecules. We will adopt a multiscale approach encompassing global structure, rigid bases and basepairs, and the atomic-resolution level. Unrestrained MD trajectories, as well as restrained simulations using umbrella sampling methodology, will be processed to extract time series of coordinates at different scales. These will be analyzed to obtain parameters for properly formulated mechanical models of the motifs. RNA non-helical motifs such as internal loops (notably C-loops), bulges, and three-way junctions will be studied. DNA double-helical motifs will include G-tracts and sequences with modified bases such as 5-methylcytosine and 8-oxoguanine. The results will help describe stiffness and flexibility of RNA and DNA motifs important in cellular processes, biophysics, and nanotechnology.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

BO - Biofyzika

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Byly vyvinuty teoretické metody pro popis elastických vlastností molekulových struktur DNA (A-traky, DNA s oxidativním poškozením) a RNA (C-smyčky) v aplikačně významných systémech. Byl navržen a ověřen model alosterických jevů v DNA. Výsledky byly publikovány v 10 pracích v mezinárodních impaktovaných časopisech a mohou najít uplatnění v molekulární biologii, medicíně, či nanotechnologiích.

Zahájení řešení

1. 1. 2014

Ukončení řešení

31. 12. 2016

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

5. 4. 2016

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP17-GA0-GA-U/03:1

Datum dodání záznamu

28. 6. 2017

Celkové uznané náklady

2 668 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

2 668 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč