Konformační rovnováhy v nukleových kyselinách a vývoj empirického potenciálu
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Hlavní účastníci
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
17-16107S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Conformational Equilibria in Nucleic Acids and Force Field Development
Anotace anglicky
Molecular modeling is a quickly developing complement to experimental studies of nucleic acids. The aim of our proposal is to use molecular dynamics simulations to deepen our understanding of the biologically important equilibria in nucleic acids, such as BI/BII equilibrium of B-DNA, ZI/ZII equilibrium of Z-DNA, alpha/gamma substates in guanine quadruplexes and RNA and DNA molecules, A/B equilibrium of DNA and more complex equilibria in conformational transitions, helix end fraying etc. Unfortunately, it is becoming increasingly clear that many of these equilibria are not described correctly by current force fields. With the advent of graphics processing unit calculations and consequent steep increase in time scales that can be routinely simulated, still more force field artifacts are being discovered. Thus, one of the goals of this proposal is to study these artifacts with focus on conformational equilibria in nucleic acids and suggest appropriate force field refinements when possible.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
10403 - Physical chemistry
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2017
Ukončení řešení
31. 12. 2021
Poslední stav řešení
—
Poslední uvolnění podpory
26. 4. 2019
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP21-GA0-GA-R/13:1
Datum dodání záznamu
22. 2. 2021
Finance
Celkové uznané náklady
2 563 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 485 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
78 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč