Komplexy protein-DNA a vývoj empirického potenciálu

Název projektu anglicky
Protein-DNA Complexes and Force Field Development
Anotace anglicky
The aim of this proposal is to explore protein-DNA interactions hand in hand with developing force fields (FF) for nucleic acid (NA) simulations. Current NA FFs are known to suffer from intrinsic difficulties in describing non-canonical DNA and RNA motifs and we have indications that these problems may propagate to protein-DNA interactions. Because systematic studies of FF description of protein-DNA interactions are rare, we decided to fill this knowledge gap and use the obtained information for methodological development in NA FFs. Conformational adaptations of DNA binding to protein involve well known A-DNA-like or BII-DNA motifs, but also some non-canonical backbone conformations. These non-canonical substates are particularly interesting, because they cannot be efficiently studied in naked DNA. Data from protein-DNA simulations will be used to fine-tune potentials obtained from fitting quantum mechanical data. Our study will provide better understanding of protein-DNA interactions and possibly more reliable empirical potentials for molecular modeling of nucleic acids.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10403 - Physical chemistry
OECD FORD - vedlejší obor
—
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP23-GA0-GA-R
Datum dodání záznamu
26. 6. 2023

Podobné projekty(10)