Fascinující struktura Hollidayova spoje: Klíčový prvek biofyziky DNA studovaný molekulově dynamickými simulacemi
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
SGA0202500001
Hlavní účastníci
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
25-16134S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Fascinating Structure of Holliday Junction: The Crux of DNA Biophysics Studied by Molecular Dynamics Simulations
Anotace anglicky
Holliday Junctions (HJs) are a non-canonical DNA structural motif where two helices transiently join together. Despite their significance in both biological processes and DNA nanotechnology, our understanding of their intricate structural dynamics and conformational changes remains limited. We propose a series of interrelated investigations utilizing molecular dynamics (MD) simulations to explore HJs comprehensively. Our objectives encompass delineating all characteristic motions of HJs, such as branch migration, isomerisation, and parallelization. Moreover, we aim to elucidate the impact of DNA sequence variations and changes in ion concentrations. Additionally, we aim to investigate the interactions between HJs and proteins. Furthermore, the development of force-field modifications tailored for HJs will enhance simulation accuracy. Through these endeavors, we will deepen our understanding of the biological roles of HJs and their utility in the construction of 3D lattices, providing comprehensive insights into HJ dynamics and advancing the field.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10610 - Biophysics
OECD FORD - vedlejší obor
—
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
BO - Biofyzika
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2025
Ukončení řešení
31. 12. 2027
Poslední stav řešení
Z - Začínající víceletý projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP25-GA0-GA-R
Datum dodání záznamu
27. 2. 2025
Finance
Celkové uznané náklady
5 666 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
5 666 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč