Studium hydratace a flexibility enzymů pomocí pokročilých strukturních a biofyzikálních metod
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Hlavní účastníci
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích / Přírodovědecká fakulta<br>Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
17-24321S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Enzyme hydration and flexibility studied by advanced structural and biophysical methods
Anotace anglicky
An integrated view of protein structure, solvation, dynamics, and function is emerging where internal protein motions are closely linked to enzyme catalysis. The main objective of this project is to investigate connection between hydration, conformational dynamics and catalysis of selected model enzymes. Three model systems including haloalkane dehalogenases DhaAwt, DhaA31, several LinB variants with modified access tunnels and closely related luciferase RLuc will be investigated by X-ray and neutron crystallography, time-resolved crystallography and hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry. Based on carefully designed experiments and by combination of the information obtained from different, but complementary, techniques we shall be able to get inside into (i) conformational changes of selected enzymes upon their interactions with substrates, (ii) location of hydrogen atoms inside the enzyme active site and the access tunnels and (iii) protonation state of catalytic residues of the enzymes during their catalytic cycles.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CE - Biochemie
CEP - vedlejší obor
BO - Biofyzika
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Projekt přispěl k objasnění souvislostí mezi hydratací, konformační dynamikou a katalytickou aktivitou vybraných haloalkandehalogenas. Mezi hlavní výsledky patří vyřešení struktury DpcA a DmxA, objasnění mechanismu enantioselektivity u DbjA, DhaA, a DhaA31, a objasnění souvislostí mezi strukturou vstupního tunelu a aktivitou u DhaA31.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2017
Ukončení řešení
31. 12. 2019
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
26. 6. 2019
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP20-GA0-GA-U/02:1
Datum dodání záznamu
23. 7. 2020
Finance
Celkové uznané náklady
9 834 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
9 578 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
256 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč