Studium genomů patogenních treponem na základě analýzy jednotlivých buněk

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 21 (SGA0201700001)

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Lékařská fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

17-25455S

Název projektu anglicky

Single cell techniques in whole genome sequencing of uncultivable pathogenic treponemes

Anotace anglicky

Uncultivable pathogenic treponemes cause several human and animal diseases including syphilis (caused by T. pallidum ssp. pallidum), yaws (T. pallidum ssp. pertenue), endemic syphilis (T. pallidum ssp. endemicum) and pinta (T. carateum). The goal of this proposal is to develop single cell techniques to perform genomic studies of pathogenic treponemes to produce a high quality whole genome sequences without gaps and/or ambiguities. Because of their importance, genome sequences need to include also paralogous and repetitive sequences. Genomic sequences will help to unravel mechanisms of treponemal virulence, adaptation to host and evolution. There are three specific aims of the submitted project including i) development of single cell techniques for genomic studies, ii) genomic sequencing of treponemal cells from clinical material and iii) analyses of intrastrain variability of individual treponemal cells. Altogether, we are planning to sequence about 30 treponemal genomes and also to produce more than 30 single cell genomes to study intrastrain variability of treponemes.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt byl zaměřen na zavedení nových typizačních technik patogenech kmenů Treponema pallidum. Byla vyvinuta technika pro sekvenaci jednotlivých buněk. Zároveň bylo vyvinuto nové typizační schéma založené na principu multilokusové sekvenční typizace (MLST). Během řešení projektu bylo publikováno 19 publikací v kvalitních vědeckých časopisech.

Zahájení řešení

1. 1. 2017

Ukončení řešení

31. 12. 2019

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

10. 4. 2019

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP20-GA0-GA-U/02:1

Datum dodání záznamu

23. 7. 2020

Celkové uznané náklady

9 857 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

9 566 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

291 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč