Celogenomové sekvencování v analýze genomů a transkriptomů patogenních bakterií rodu Treponema

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Lékařská fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

P302-12-0574

Název projektu anglicky

Whole genome sequencing in genome and transcriptome analyses of Treponema pathogens

Anotace anglicky

The genus Treponema comprises several human uncultivable pathogenic species and subspecies including causative agent of syphilis (T. pallidum ssp. pallidum,TPA), yaws (T. pallidum ssp. pertenue, TPE), endemic syphilis (T. pallidum ssp. endemicum) and pinta (T. carateum). There are two specific aims of the submitted project including i) genomic sequencing of treponemal strains and ii) sequencing analyses of transcriptomes and identification of T. pallidum promoters. At least 10 pathogenic treponemes will be sequenced to obtain high quality genome sequences. These sequences will be used to define a minimal list of genetic changes involved in differences between pallidum and pertenue treponemes. In addition, TPA strains isolated from human clinical material will be sequenced as well as strain causing hare infections, T. paraluisleporis. Sequencing methods will be used also for transriptome analysis of at least 6 treponemal strains including syphilis- and yaws-causing treponemes. For identification of treponemal promoters, a luxCDABE-based reporter plasmid will be used.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - vedlejší obor

FN - Epidemiologie, infekční nemoci a klinická imunologie

CEP - další vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30302 - Epidemiology<br>30303 - Infectious Diseases

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Výsledky projektu přispívají k poznání genetické podstaty příbuznosti a variability kmenů, které způsobují onemocnění syfilis, yaws a bejel. Charakteristika výsledků je adekvátní, měly být vypuštěny 3 články, které nemají dedikaci projektu. Možné využití výsledků pro přípravu vakcíny proti syfilis a zlepšení diagnostiky syfilis, yaws a bejel. 16 publikací v prestižních časopisech.

Zahájení řešení

1. 1. 2012

Ukončení řešení

31. 12. 2016

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

5. 4. 2016

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP17-GA0-GA-U/03:1

Datum dodání záznamu

28. 6. 2017

Celkové uznané náklady

10 673 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

10 673 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč