Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 10 (SGA02007GA-ST)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

310/07/0321

Název projektu anglicky

Genomics of Treponema: comparative genome sequencing of pathogenic treponemes and transcriptome analysis of T. pallidum ssp. pallidum

Anotace anglicky

The aim of this proposal is to study the genomes of pathogenic spirochetes of the genus Treponema using methods of comparative genomics including the whole genome fingerprinting method (WGF), comparative genome sequencing (CGS) approach and Chromatin Immunoprecipitation method (ChIP-chip). Genomes of five strains are intended to be sequenced using CGS strategy, i.e. T. pallidum ssp. pallidum (Chicago), T. pallidum ssp. pertenue (Samoan D and Gauthier) and T. pallidum ssp. endemicum (Iraq B and Bosnia A). We intend to determine additional transcriptomes of two strains of T. pallidum ssp. pertenue and compared them to the transcriptome of T. pallidum ssp. pallidum (Nichols). The ChIP-chip method will be used for identification of transcription factor binding sites in T. pallidum ssp. pallidum (Nichols). Differences in the genome structure and in the transcriptional profiles will be related to the different pathogenic features of studied organisms. Promoter identifications will be used for elucidation ofthe transcriptional regulatory network.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Řešení projektu proběhlo výtečně, jak z hlediska odborného tak i z hlediska čerpání finančních prostředků.

Zahájení řešení

1. 1. 2007

Ukončení řešení

31. 12. 2011

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

16. 4. 2011

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP12-GA0-GA-U/02:2

Datum dodání záznamu

2. 5. 2016

Celkové uznané náklady

9 235 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

9 235 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč