Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Cíle projektu
Cílem tohoto výzkumného projektu je studium genomů patogenních spirochet rodu Treponema s použitím metod komparativní a funkční genomiky. Tyto metody zahrnují techniku whole genome fingerprinting (WGF), komparativní genomové sekvencování (CGS) a metodu chromativé imunoprecipitace na čipech (ChIP-chip). Pomocí CGS plánujeme sekvencovat genomy 5 kmenů, t.j. T. pallidum ssp. pallidum (Chicago), T. pallidum ssp. pertenue (kmeny Samoan D a Gauthier) a T. pallidum ssp. endemicum (kmeny Iraq B a Bosnia A). Plánujeme také vyšetřit transkriptomy dvou kmenů T. pallidum ssp. pertenue a porovnat je s transkriptomem T. pallidum ssp. pallidum kmene Nichols. Technika ChIP-chip bude použita pro identifikaci vazebných DNA míst (promotorů) transkripčních faktorů v genomu T. pallidum ssp. pallidum Nichols. Nalezené rozdíly v genomové struktuře a trankripčních profilech budou porovnány s odlišným patogenním potenciálem vyšetřených treponem. Identifice promotorů (spolu s transkriptomovými daty) bude použita pro návrh operonové struktury a pro zmapování transkripční úrovně regulace genové exprese u treponem.
Klíčová slova
T. pallidum ssp. pallidumgenomové sekvenováníprofilování genové exprese
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 10 (SGA02007GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
310/07/0321
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Genomics of Treponema: comparative genome sequencing of pathogenic treponemes and transcriptome analysis of T. pallidum ssp. pallidum
Anotace anglicky
The aim of this proposal is to study the genomes of pathogenic spirochetes of the genus Treponema using methods of comparative genomics including the whole genome fingerprinting method (WGF), comparative genome sequencing (CGS) approach and Chromatin Immunoprecipitation method (ChIP-chip). Genomes of five strains are intended to be sequenced using CGS strategy, i.e. T. pallidum ssp. pallidum (Chicago), T. pallidum ssp. pertenue (Samoan D and Gauthier) and T. pallidum ssp. endemicum (Iraq B and Bosnia A). We intend to determine additional transcriptomes of two strains of T. pallidum ssp. pertenue and compared them to the transcriptome of T. pallidum ssp. pallidum (Nichols). The ChIP-chip method will be used for identification of transcription factor binding sites in T. pallidum ssp. pallidum (Nichols). Differences in the genome structure and in the transcriptional profiles will be related to the different pathogenic features of studied organisms. Promoter identifications will be used for elucidation ofthe transcriptional regulatory network.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
EE - Mikrobiologie, virologie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Řešení projektu proběhlo výtečně, jak z hlediska odborného tak i z hlediska čerpání finančních prostředků.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2007
Ukončení řešení
31. 12. 2011
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
16. 4. 2011
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP12-GA0-GA-U/02:2
Datum dodání záznamu
2. 5. 2016
Finance
Celkové uznané náklady
9 235 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
9 235 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
9 235 tis. Kč
Statní podpora
9 235 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 01. 2007 - 31. 12. 2011