Objevování základních principů struktury proteinů a protein-ligandových komplexů pokročilými metodami kvantové chemie

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

SGA0202000001

Hlavní účastníci

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

20-08772S

Název projektu anglicky

Fundamental Principles of Protein Folding and Protein-Ligand Interactions Revealed by High-Level Quantum Chemical Calculations

Anotace anglicky

Exploration of conformational space of individual biomolecular constituents represents an unmet computational challenge in contemporary theoretical chemistry. We propose to develop a set of computational tools for carrying out and processing large-scale quantum chemical calculations together with extracting and manipulating information from structural database. We will apply them to answer fundamental questions in protein structure, design, and protein-ligand interactions. Specifically, we will map and study the so-called protein frustration (strain) of the peptide fragments within the context of the protein. We will compare computed values for individual peptide segments in various parts of the protein chain with conservation of the amino acid residues which may shed light on the physico-chemical principles of protein evolution. Our results will be also used in devising tools to build (de novo) protein and peptide sequences with desired structure. These may ultimately mimic enzymes and catalytic activity can be acquired employing smaller peptide/protein scaffolds.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10403 - Physical chemistry

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Cílů projektu bylo dosaženo a zveřejněné výsledky řešení významně přispějí k rozvoji oboru. Výstupem grantu je 11 kvalitních publikací. Projekt také umožnil rozvoj odborných kompetencí juniorních pracovníků. Nakládání s finančními prostředky bylo bez závad a projektu je možno udělit absolutorium.

Zahájení řešení

1. 1. 2020

Ukončení řešení

31. 12. 2022

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

12. 4. 2022

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP23-GA0-GA-U

Datum dodání záznamu

26. 6. 2023

Celkové uznané náklady

8 433 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

6 555 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

1 743 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč