Studium dynamiky a termodynamiky komplexů myších feromonů s proteiny
Cíle projektu
Navrhovaný projekt je zaměřen na studium změn dynamiky proteinů v důsledku vazby feromonů. Myší MUP-I, zkoumaný spolunavrhovatelem, byl vybrán jako modelový protein. Dynamické parametry popisující pohyby amidových vazeb budou stanoveny z relaxačních datpro volný protein a protein s navázaným feromonem a jeho analogy. Po zavedení pokročilých technik izotopového značení (značení 13C s částečnou deuterací) budou dynamická měření rozšířena na C-H vazby postranních řetězců. Vliv vazby ligandů na konformačníentropii bude stanoven z hodnot parametru uspořádání (order parameter) a srovnán s kalorimetrickými daty. Výpočetní metody budou využity k určení ostatních změn volné energie v důsledku vazby ligandů. Struktury volného MUP-I a komplexu MUP-I s navázanýmferomonem budou určeny pomocí NMR v roztoku a srovnány s krystalovými strukturami získanými v laboratoři spolunavrhovatele. Aplikace zmíněné metodologie na proteiny příbuzné MUP, které se podílí na transportu feromonů k jejich neuronovým receptorům, je
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 1 (SGA02002GA-ST)
Hlavní účastníci
Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Dynamics and thermodynamics of mouse pheromone-protein complexes
Anotace anglicky
The project proposed here focuses on ligand-induced changes in dynamics of pheromone-binding proteins. Mouse MUP-I, previously studied by the joint applicant, was chosen as a protein model. Dynamic parameters describing amide bond motions will be estimated from relaxation data for the free protein and for MUP-I complexed with a native pheromone and pheromone analogs. Following introduction of advanced techniques of isotope labeling (alternating 13C labeling with partial deuteration), the dynamic measurements will be extended to side-chain C-H bonds. Effects of ligand binding on conformational entropy will be evaluated from values of the order parameter and compared with calorimetric data. Computational methods will be introduced to address otherfree energy changes upon ligand binding. Solution structures of free MUP-I and of its complex with the bound pheromone will be solved by NMR and compared with crystal structure obtained by a collaborating group. Application of the mentioned methodology t
Vědní obory
Kategorie VaV
—
CEP - hlavní obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - vedlejší obor
CE - Biochemie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10403 - Physical chemistry
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Byla vyvinuta nová metodika analýzy relaxačních dat pomocí studií teplotních závislostí redukovaných funkcí spektrální hustoty s využitím 15N 1H relaxačních dat v isotopicky značených proteinech. Jednalo se o velmi komplikovaná a časově náročná měření (m
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2000
Ukončení řešení
1. 1. 2002
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP/2003/GA0/GA03GA/U/N/9:7
Datum dodání záznamu
19. 5. 2008
Finance
Celkové uznané náklady
4 290 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 875 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
4 290 tis. Kč
Statní podpora
2 875 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Doba řešení
01. 01. 2000 - 01. 01. 2002