Struktura, dynamika a funkce DNA
Cíle projektu
Cílem projektu je studovat strukturu, flexibilitu, dynamiku a funkci nukleových kyselin na úrovni atomového rozlišení pomocí nejmodernějších metod počítačové chemie. Ab initio kvantově chemické metody budou použity k přesné charakterizaci důležitých molekulárních interakcí, jako jsou interakce malých fragmentů DNA s kovovými ionty a interkalátory. Ab initio výpočty budou sloužit k parametrizaci empirických potenciálů a k určení mezi jejich platnosti. Molekulová dynamika hydratované DNA bude použita ke studiu několika významných problémů: (i) Struktura, dynamika a topologie neobvyklých architektur DNA, jako jsou I-DNA a G-DNA, (ii) vliv sekvencí bází a modifikovaných bází na strukturu dvoušroubovice DNA, (iii) interakce DNA s interkalátory a dalšímimalými molekulami. Navíc, flexibilita velmi dlouhých úseků DNA (stovky párů bází) bude studována metodou brownovské dynamiky, elastické parametry DNA budou získány z molekulové dynamiky oligonukleotidů. Všechny uvedené problémy budou studovány v úzké
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 1 (SGA02002GA-ST)
Hlavní účastníci
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Structure, dynamics and function of DNA
Anotace anglicky
The aim of this project is to understand structure, flexibility, dynamics and functions of nucleic acids (NA) at the atomic level. Wide range of state-of the-art computational methods will be utilized. Ab initio quantum chemical calculations will be usedto study the physical origin of relevant molecular interactions such as interactions of small DNA fragments with metal cations and intercalators. The ab initio calculations will be utilized for parametrization of empirical force fields and verification otheir limitations. Particle mesh Ewald molecular dynamics (PME MD) simulations of hydrated nucleic acids will be used to study the DNA molecules with a special attention paid to the following three areas: (i) Structure, dynamics and folding of unusual NAstructures, such as i-DNA and G-DNA, (ii) the effects of base sequence and unusual bases on the variability of double stranded DNA structures, (iii) interactions of DNA with intercalators and other drugs. Finally, flexibility of very long DNA fragments
Vědní obory
Kategorie VaV
—
CEP - hlavní obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - vedlejší obor
CH - Jaderná a kvantová chemie, fotochemie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10402 - Inorganic and nuclear chemistry
10403 - Physical chemistry
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Odborný přínos projektu je nepochybný. Velmi vysoká publikační aktivita v prestižních mezinárodních časopisech. Hospodaření s finančními prostředky bylo po celou dobu trvání projektu v souladu s pravidly, až na přesun "cestovné" do "provozních nákladů" v
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2000
Ukončení řešení
1. 1. 2002
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP/2003/GA0/GA03GA/U/N/9:7
Datum dodání záznamu
19. 5. 2008
Finance
Celkové uznané náklady
2 624 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
1 260 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
2 359 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
2 624 tis. Kč
Statní podpora
1 260 tis. Kč
48%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Doba řešení
01. 01. 2000 - 01. 01. 2002