Vliv okolního prostředí (solvatace a hydratace) na stabilitu a geometrii komponent DNA

Poskytovatel

Akademie věd České republiky

Program

Juniorské badatelské grantové projekty

Veřejná soutěž

Juniorské badatelské grantové projekty 3 (SAV02005-J)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

KJB400550518

Název projektu anglicky

Influence of the Enviroment on the Stability and Geometry of DNA Building Blocks

Anotace anglicky

A structure and dynamics of DNA in cells are determined not only by H-bonded and stacked interaction between the bases, but also by a presence of the enviroment - water molecules and ions. The complexes of bases and base pairs (not only canonical form ofbases, but also other tautomers) with water and ions will be characterised by classical molecular dynamics, mechanics and the highest quality quantum chemical approaches. After detailed exploration of potential nad free energy surfaces of complexes at classical level, the most stable and the most populated structures will be studied at ab initio level. Geometries and exact values of interaction energies will be obtained and the calculated IR spectra will be compared with the available experiments.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10403 - Physical chemistry

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Voda ovlivňuje tautomerní rovnováhu bází nukleových kyselin. U párů bází již několik molekul vody způsobuje preferenci patrově uspořádaných struktur oproti vodíkově vázaným, které jsou termodynamicky stabilnější ve vakuu a nepolarních rozpouštědlech.

Zahájení řešení

1. 1. 2005

Ukončení řešení

1. 12. 2007

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

27. 2. 2007

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP08-AV0-KJ-U/02:2

Datum dodání záznamu

3. 4. 2009

Celkové uznané náklady

785 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

785 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč