korelace a variace rozložení nukleotidů a krátkých oligonukleotidů v genomu Caenorhabditis elegans

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 1 (SGA02002GA-ST)

Hlavní účastníci

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

—

Název projektu anglicky

Correlations and variations of nucleotide and short oligonucleotide distributions in the genome of Caenorhabditis elegans

Anotace anglicky

In this project we suggest to create software for variation and correlation analysis of nucleotide and short oligonucleotide distributions in genomes. This software will be applied to the genome of Caenorhabditis elegans. The variation analysis will distinguish the less informative oligonucleotides, whose distributions are not much different from distributions in random sequences, from those oligonucleotides whose distributions are non-uniform. This information will enable identification of genomic regions with important functions. Correlation analysis will ease the understanding of the causes and consequences of A x C and G x T distribution anticorrelations, which were discovered in our laboratory, and of strong C and G clustering. We will also carryout con-elation analysis of dinucleotide distributions in order to identify the causes of universal TA dinucleotide deficiency in the genomes and strong dependence of the CG dinucleotide correlations and variations on the parent organism. Mutual co

Kategorie VaV

—

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

EI - Biotechnologie a bionika

CEP - další vedlejší obor

JC - Počítačový hardware a software

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20206 - Computer hardware and architecture<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt b yl předčasně ukončen na žádost řešitele (dlouhodobý zahraniční pobyt). Závěrečná karta projektu je v souladu se závěrečnou zprávou. Získané výsledky jsou adekvátní době řešení projektu (1 rok a 4 měsíce). Výstupem projektu je přiložený rukopis

Zahájení řešení

1. 1. 2000

Ukončení řešení

1. 1. 2003

Poslední stav řešení

S - Zastavený (předčasně ukončený) víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

—

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP/2002/GA0/GA02GA/U/N/7:3

Datum dodání záznamu

1. 4. 2003

Celkové uznané náklady

567 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

283 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

394 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč