Biofyzikální analýza vybraných oblastí lidského genomu
Cíle projektu
Navrhujeme vyvinout software pro analýzu korelací výskytu aligonukleotidů v nukleotidových sekvencích a s jeho pomocí nalézt pravidla uspořádání oligonukleotidů v lidském genomu. Dále napíšeme software pro srovnávání rozložení konformačních vlastností DNA podél lidského genomu s rozložením oligonukleotidů, které tyto vlastnosti kódují, a genetickou mapou genomu. Na plasmidových /fágových DNA vyvineme metodu pro konformační analýzu kilobázových fragmentů založenou na citlivosti poškození DNA k její konformaci a neštěpení poškozené DNA restriktázami. Tuto metodu budeme aplikovat na vybrané oblasti ohraničující dinukleotidové mikrosatelity lidského genomu. V nich budeme lokalizovat úseky vykazující zajímavé konformační vlastnosti s využitím jejich vlivu na replikaci při PCR. Tyto oblasti prostudujeme spektroskopickými a elektroforetickými metodami s využitím příslušných chemicky syntetizovaných oligonukleotidů.
Klíčová slova
The human genomebiophysical properties of DNAisochoresbioinformaticsmolecular evolution
Veřejná podpora
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
Program
Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména v AV ČR
Veřejná soutěž
—
Hlavní účastníci
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Biophysical analysis of selected regions of the human genome
Anotace anglicky
We propose to develop software for an aligonucleotide correlation analysis in long nucleotide sequences and use it to find oligonucleotide ordering rules in the human genome. We will further write a software comparing distribution of the conformational properties of DNA along the human genome with the distribution of the oligonucleotides coding for these properties, and the genome genetic map. A further method will be developed for genome conformational analysis, taking use of sensitivity of UV light-induced damage in DNA to its conformation, and restrictase failure to cleave the damaged DNA. This method will be employed for an analysis of regions flanking dinucleotide microsatallites of the human genome. Regions exhibiting unusual conformations will be located taking advantage of their expected influence on DNA replication during PCR. These regions will finally be analyzed by spectroscopic and electrophoretic methods using oligonucleotides.
Vědní obory
Kategorie VaV
—
CEP - hlavní obor
BO - Biofyzika
CEP - vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - další vedlejší obor
CE - Biochemie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10610 - Biophysics
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Analýza korelací vedla ke zjištění, že genomy se skládají ze dvou kvalitativně odlišných typů segmentů. Byla vyvinuta metodika pro konformační analýzu vybraných oblastí lidského genomu. Ukázalo se, že genomová DNA tvoří doménové struktury.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 1998
Ukončení řešení
1. 1. 2002
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP/2003/AV0/AV03IA/U/N/5:3
Datum dodání záznamu
27. 10. 2004
Finance
Celkové uznané náklady
7 736 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 387 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
5 281 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
7 736 tis. Kč
Statní podpora
2 387 tis. Kč
30%
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
CEP
BO - Biofyzika
Doba řešení
01. 01. 1998 - 01. 01. 2002