Evoluce karyotypu a velikosti genomu v čeledi Cyperaceae
Cíle projektu
Hlavním cílem projektu je analýza patternů genomických parametrů: (i) velikost genomu, (ii) počet chromosomů, (iii) velikost chromosomů, (iv) genomový AT/GC poměr, (v-vi) diverzita a dominance retrotransposonů u taxonů dvou kontrastních modelových rodů sholokinetickými chromosomy Carex a Eleocharis. Evoluční dynamika těchto druhově specifických genomických parametrů v rámci fylogeneze založené na molekulárních sekvenčních znacích bude využita ke zhodnocení role klíčových mechanizmů evoluce velikosti genomu: (i) polyploidie; (ii) agmatoploidie, (iii) symploidie, (iv-v) amplifikace a eliminace retrotransposonů v hlavních evolučních liniích studovaných taxonů. Modelem není tudíž konkrétní druh jako v klasických genomických studiích, ale skupina druhů spojená sítí jejich evoluční příbuznosti. Modelové rody jsou kontrastní v (i) druhové diverzitě, (ii) evolučních centrech, (iii) ekologické diverzifikaci, ale hlavně v (iv) rozsahu velikosti chromosomů a genomů, který je u Eleocharis jeden z největších v rámci krytosemenných rodů se známou velikostí genomu a počtem chromosomů.
Klíčová slova
GenomesizeevolutionflowcytometrygenomicbasecompositionchromosomesizekaryologysedgesCarexEleocharispolyploidyphylogenyretroelements
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 12 (SGA02009GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
206-09-1405
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Genome size and karyotype evolution in Cyperaceae
Anotace anglicky
The main goal of the project is an analysis of patterns of genomic parameters: genome size, chromosome number, chromosome size, genomic AT/GC composition, retrotransposon diversity and widespread in taxa of two contrasting model genera with holokinetic chromosomes: Carex and Eleocharis. Evolutionary dynamics of these species-specific genomic parameters in the framework of the phylogeny based on molecular sequence markers will be used for the evaluation of the role of key mechanisms in genome size evolution: (i) polyploidy; (ii) agmatoploidy, (iii) symploidy, (iv-v) retrotransposon amplification or removal in the main evolutionary lineages of taxa studied. The model is therefore not a concrete species as in classical genomic studies but the group of species connected by the net of their evolutionary relationships. The models are contrasting in (i) species diversity, (ii) evolutionary centres, (iii) ecological diversification, but mainly in (iv) variation ranges of chromosome and genome sizes, which arein Eleocharis ones of the largest known among angiosperms genera.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EF - Botanika
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10611 - Plant sciences, botany
10612 - Mycology
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Projekt popsal klíčové mechanismy v evoluci karyotypu a velikosti genomu v rodech Carex a Eleocharis, inovoval algoritmus pro tvorbu fylogenetických stromů a odhalil hlavní fylogenetické trendy odlišující evoluci holocentrických karyotypů od evoluce kar?
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2009
Ukončení řešení
31. 12. 2012
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
1. 4. 2012
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP13-GA0-GA-U/02:3
Datum dodání záznamu
17. 5. 2016
Finance
Celkové uznané náklady
6 538 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
6 538 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
6 538 tis. Kč
Statní podpora
6 538 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EF - Botanika
Doba řešení
01. 01. 2009 - 31. 12. 2012