Mechanismus cílení somatických hypermutací v genomu B lymfocytů
Cíle projektu
Somatické hypermutace (SHM) jsou klíčovým procesem diversifikace protilátek a zejména modulace jejich afinity. Tento proces je zahájen deaminací cytosinu za účasti aktivací indukované deaminázy (AID) a dokončen k chybám náchylným nahrazením vzniklého uracilu. Donedávna se věřilo, že proces SHM je cílen výlučně do immunoglobulinových lokusů. Nově se objevující studie ukazují, že aktivita SHM je v genomu mnohem více rozšířená a představuje tak hrozbu pro integritu genomu. Naše laboratoř vyvinula zcela novou vysoce citlivou a vysoce výkonnou metodu (DIVAC-trap HTISA) studia cílení SHM, která je založena na retrovirových vektorech a touto metodou jsme vytvořili detailní mapu oblastí citlivých a rezistentních k SHM v lidském genomu. V tomto projektu využijeme naše nově vytvořené nástroje ke studiu role (epi)genomických znaků a jaderné topologie v cílení SHM mimo Ig lokusy a identifikaci klíčových faktorů. Dále budeme charakterizovat genomické elementy zodpovědné za cílení SHM. Naše výsledky poskytnou zcela nový vhled do mechanismu SHM a faktorů ovlivňujících karcinogenezi závislou na AID.
Klíčová slova
somatic hypermutationimmunoglobulin diversificationDIVACdiversification activatorenhancerretroviral vectortargeting
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
SGA0202200004
Hlavní účastníci
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
22-30384S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Mechanism of somatic hypermutation targeting in the B cell genome
Anotace anglicky
Somatic hypermutation (SHM) is a key process in diversification of antibodies, and modulation of their affinity in particular. This process is initiated by cytosine deamination by the activationinduced deaminase (AID) and completed by error-prone processing of the resulting uracils. Until recently, SHM was thought to be targeted exclusively to Ig loci; however, newly emerging studies report SHM activity to occur more genome-wide, and SHM thus represents a threat to the genome integrity. We developed a novel very sensitive high-throughput retrovirus vectorbased assay (DIVAC-trap HTISA) to study the SHM targeting and generated a comprehensive map of genomic regions vulnerable and resistant to SHM. In this project, we will utilize our novel tools to study the role of (epi)genomic features and nuclear topology in the SHM targeting outside Ig loci and identify the key features. In addition, we will characterize the genomic elements responsible for SHM. Our results will provide a novel insight into the mechanism of SHM targeting and factors involved in AID-dependent carcinogenesis.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10601 - Cell biology
OECD FORD - vedlejší obor
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory
(dle převodníku)CE - Biochemie
EA - Morfologické obory a cytologie
EB - Genetika a molekulární biologie
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2022
Ukončení řešení
31. 12. 2024
Poslední stav řešení
—
Poslední uvolnění podpory
29. 2. 2024
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP25-GA0-GA-R
Datum dodání záznamu
12. 3. 2025
Finance
Celkové uznané náklady
7 254 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
7 254 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
7 254 tis. Kč
Statní podpora
7 254 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
OECD FORD
Cell biology
Doba řešení
01. 01. 2022 - 31. 12. 2024