Určování infekčních hrozeb v reálném čase ze surových nanoporových signálů pomocí technik strojového učení

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

SGA0202300001

Hlavní účastníci

Vysoké učení technické v Brně / Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

23-05845S

Název projektu anglicky

Real-time determination of infection threats from raw nanopore signals using machine learning techniques

Anotace anglicky

Nanopore sequencers represent the future of DNA sequencing. The main advantages are low acquisition cost, connectivity, easy samples extraction and sequencing library preparation. These attributes make nanopore sequencing available even for small projects or sequencing in the field. Moreover, it allows much wider use of sequencing data as it is possible to obtain not only pure genetic information but also valuable epigenetic data allowing phenotype prediction directly from sequencing of native DNA even without prior chemical modification. Thus, with a single instrument, we can identify and quantify microbial strains, profile antimicrobial resistance, or detect structural variation based on a single sequencing run. However, all mentioned analyses require high-performance tools for sequencing data postprocessing. Moreover, we lose the most significant nanopore sequencing advantage – real-time access to the sequencing run. Our proposed approach utilizes real-time run access to process raw nanopore data, allowing immediate profiling and infectious risk assessment.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10606 - Microbiology

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EE - Mikrobiologie, virologie

Zahájení řešení

1. 1. 2023

Ukončení řešení

31. 12. 2025

Poslední stav řešení

B - Běžící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

16. 5. 2023

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-GA0-GA-R

Datum dodání záznamu

19. 2. 2024

Celkové uznané náklady

9 517 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

9 517 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč