Ne/postradatelnost kanonických aminokyselin v bakteriálním metabolismu

Název projektu anglicky
The twenty amino acid in/dispensability in bacterial core metabolism
Anotace anglicky
All extant cells build proteins from the same 20 coded amino acids (AAs). However, the study of the origin of life implies that earlier cells functioned with a smaller alphabet. This proposal aims to (i) explore the indispensability of selected AAs for E. coli and to (ii) (re)construct a bacterial strain that utilizes only 19 AAs in the proteins of its core metabolism (TCA cycle and glycolysis). We build on the hypothesis that Trp (apparently the latest and one of the rarest additions to the alphabet) will be the most dispensable in E. coli. It’s in/dispensability will be first compared using adaptive laboratory evolution experiments under scarcity of different AAs. In parallel, we will combine techniques of genome editing with principles of in vitro evolution strategies and aim to substitute all Trp residues within the E. coli central metabolism, searching from a “genome library” towards the best possible viability. We will learn if/how cells can compensate for one missing AA and about the cost of such “step back”. In turn, this will guide design of future synthetic cells.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - vedlejší obor
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
OECD FORD - další vedlejší obor
10601 - Cell biology
CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
CE - Biochemie<br>EA - Morfologické obory a cytologie<br>EB - Genetika a molekulární biologie

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP25-GA0-GA-R
Datum dodání záznamu
21. 2. 2025

Podobné projekty(10)