Analýza a vizualizace proteinových struktur

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

P202-10-1435

Název projektu anglicky

Analysis and Visualization of Protein Structures

Anotace anglicky

In the project, new analytic methods for biochemical research of proteins will be developed and tested. The geometrical properties of dynamic protein models will be explored to find and asses the channels connecting an active site inside protein with itssurface. The properties, such as surface, volume and length will be statistically evaluated for  large sets of protein snapshots obtained from simulation of its dynamics. The results will be visualized in such a way that would provide new information tobiochemists. The methods will also focus on an interaction of  small molecules (ligants) passing through a prospective channel, both in time and space, and on a proposal how to modify the protein to increase the quality of the channel. The methods willbe included in a software tool CAVER (developed at Masaryk University), which is currently being used by biochemists all around the world. This project is a follow-up of current project Visualization of protein structures (y.2007-2009).

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

IN - Informatika

CEP - vedlejší obor

CE - Biochemie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

V rámci projektu byl vylepšen systém CAVER. Byly vyvinuty nové metody pro detekci tunelů v proteinech. Tyto metody byly otestovány v reálné aplikaci modelování proteinů. Výsledkem projektu je i 9 konferenčních článků a 5 impaktovaných časopiseckých publ?

Zahájení řešení

1. 1. 2010

Ukončení řešení

31. 12. 2012

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

1. 4. 2012

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP13-GA0-GA-U/02:3

Datum dodání záznamu

17. 5. 2016

Celkové uznané náklady

4 010 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 010 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč